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鲫（Carassius auratus）是我国重要的淡水养殖经济鱼类，在我国各地均有广泛分布且品种丰富。随着鱼类育种技术的不断发展，为了改良鲫的一些经济性状，提高生产性能，我国水产科学工作者做出了多方努力。目前，以改良鱼类遗传多样性为基础来提高我国的渔业产量依然是我国水产科学工作者的主要任务。而使用分子标记，尤其是微卫星标记对群体进行遗传分析是合理评估鱼类种群遗传多样性和种群结构的有效手段。利用微卫星标记进行鲫鱼群体遗传学研究的报道较少。 本研究利用8个基因组微卫星(G-SSR)和8个转录组微卫星(EST-SSR)标记分析了黑龙江水系、长江水系及淮河水系共10个野生鲫群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示:10个野生鲫群体均具有较高的遗传多样性，平均等位基因数为12-15个;平均多态信息含量(PIC)为0.775-0.846;平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.762-0.831和0.809-0.875，其中，SS群体多样性最高，PIC高达0.846。8个G-SSR位点的平均Na、平均Ne、平均He、平均Ho以及平均PIC分别为25.1、13.7、0.891、0.772、0.878;而8个EST-SSR位点的平均Na、平均Ne、平均He、平均Ho以及平均PIC分别为21.8、10.3、0.879、0.745、0.867。对比发现，G-SSR的各项平均遗传参数均较高于EST-SSR。 群体间Fst值介于0.007-0.085之间，表明10个野生鲫群体间存在不同程度的遗传分化，其中来自黑龙江水系的3个群体（JPH、JHX和FY）与其余水系的所有群体均达到或接近于中等程度的遗传分化（Fst值介于0.040-0.085之间）。根据Neis遗传距离所绘制的聚类图将10个鲫群体划分为2个大分支，其中来自黑龙江水系的3个群体聚为一枝，其余群体聚为另一枝。贝叶斯分析也支持这一结果，将10个鲫群体划分为2个最佳理论群。Bottleneck分析显示9个鲫群体偏离突变-漂移平衡，可能在近期历史上经历了遗传瓶颈。 本研究对我国3大流域鲫的群体遗传学分析结果，有助于开展野生鲫种质资源的遗传评价及保护研究，并为鲫的经济性状遗传改良提供群体遗传学参考信息。两种不同来源微卫星标记的比较结果，也为鲫鱼或其他鱼类微卫星标记的开发和分子遗传应用提供一定的指导意义。