我国目前正在进行国家创新体系建设，新时期国家创新体系建设的关键在于能否真正增强各类创新主体的科技创新能力。公益科研机构是国家创新体系的重要组成部分，承担着为国家和社会提供公共科研产品和提供公共科技服务的重要责任，提升公益科研机构的运行效率，增强其提供公共科技产品和服务的能力成为我国当前推进国家创新体系建设的一项重要任务。　　自1985年来，我国公益科研改革大致可以划分为拨款制度改革阶段、“一所两制”形成阶段、公益科研机构分类改革实施阶段、国家创新体系建设新阶段等；到目前为止，改革的方向和目标已经基本确定：有面向市场能力的要进行企业化转制，无面向市场能力或不宜进入市场的按非营利机构的方式运作。公益科研机构改革后在学科结构、经费投入、科研实力和运行效率等方面有了很大的改观，但是在发展的过程中还存在一些问题：长期以来对公益科研机构的定位不够明确；在科研管理中多头管理导致科研资源分散，在立项等活动的管理中过度行政化；科研经费支持的结构和经费使用的规定不合理；人员编制不灵活；科技评价不科学。这些问题的存在制约了我国公益科研水平的提升。　　在国家创新体系建设和事业单位改革的大背景下，我国公益科研机构的改革和管理要以提升公共科研的水平，满足公共利益需求为最终目标。国外高度重视公益科研机构的发展，在改革和管理中积累了一定的经验。在借鉴国外经验的基础上，本文认为，在下一步的改革过程中首先要明确公益科研机构的定位和功能，加强公益科研机构的协同创新能力建设，并从宏观上理顺公益科研机构管理体制、完善经费投入机制、改革科研评价体制和人事编制管理制度、完善公益科研机构社会保障体系建设并积极推进相关的管理办法的立法进程。