新型农村合作医疗制度是以各级政府为主导，参合农民、地方政府、国家三方进行资金统筹的医疗保障制度，2003年实施至今其性质上实现了从传统农村合作医疗的社区统筹保障制度向国家社会保险福利制度的转变，对保障农民身体健康、维护社会和谐稳定、促进经济发展具有重要意义。但是，新型农村合作医疗体制在发展过程中还面临着不少矛盾，如医疗费用大幅度上升与有限的新农合统筹资金总量的矛盾；传统的管理模式与大量就医农民频繁的直接报销结算的矛盾；筹资总额与不断突破的结算资金缺口的矛盾；仍然在不断扩大的城乡医保差距和农民对健康需求的迫切性之间的矛盾等等，使得农民就医存在昂贵、结算繁琐、无序、畏惧等问题。这些问题不是单纯地通过完善新农合制度可以解决，需要在医疗改革中结合实际具体研究。　　本文从医疗联合体改革的视角出发，通过对区域内所有医疗机构的资源整合，让社区卫生服务中心承担起健康“守门人”的职责，两级医院承担起综合性和专业性医疗诊治的职责，三级医院承担起疑难杂症诊治的职责，有效控制费用，减少浪费，提高医疗服务体系的整体运作效率。效率提升后，怎样让在医联体体制内就医的农民得到梯度就医、合理治疗、有限费用、结报简捷等实惠，获得公平的健康权益，就有必要进一步完善医联体背景下的新农合制度。　　为此，本文从医联体背景下新农合存在的问题着手，分析产生这些问题的原因，设计了理想的医疗联合体背景下新农合制度，从建立稳定筹资机制、实施联合体总量控制和推进信息化建设加强资金监管及结报等方面，提出了具体政策建议。