有限公司在章程中对有些股东权利进行限制是普遍的现象，尤其在由原公有制企业改制而成的有限公司中更是大量存在。实际调查显示，改制公司章程限制股东权利主要有限制转股权、限制表决权、限制知情权等几种情形。关于章程限制股东权利的效力问题，一直是股东争议的焦点，与之有关的诉讼也大量发生。由于立法的不完善以及法理层面认识的不统一，致使法院在处理此类纠纷时也颇感棘手，很难在政策与法律之间进行利弊的权衡，甚至不同法院就同类案件作出了相反的判决。从制度变迁的角度来看，改制是一种强制性的制度变迁，由于制度供给的不足，加之基于改制政策设计而形成的强制入股，造成了改制公司对有限责任公司“人合属性的违背，致使改制公司股东的利益存在较大的异质性，难以及时形成统一意志，进行有效决策。在此情况之下，改制公司的股东为了追求效率，尽量消除因改制政策设计而带来的弊端，降低管理人员的监控成本、集体决策的成本以及风险承担的成本，会通过章程对股东权利进行重新配置，这应该被视为一种诱致性的制度变迁，不应轻易否定其效力。　　理论界与实务界关于有限公司章程限制股东权利问题的争议大多根源于对公司章程和股东权利性质认识的不同。关于章程的性质，大陆法系对公司章程的性质多采自治法说，而英美法系多持公司契约论，采章程合同说。关于股权的性质，传统上多是固守固有权与非固有权的分类，认为固有权不得限制或剥夺，但关于固有权与非固有权的划分标准则未能统一。在章程性质的问题上，不应轻易否定我国的大陆法传统，全盘采用章程合同说，应在坚持章程自治法说的基础上，兼顾其契约性的因素。以资本多数决原则进行修改的章程，对于持反对意见的股东亦具有约束力，对该部分股东保护的关键在于构建股东退出时公平的定价机制，在股东之间无法就价格达成一致时，为节省成本，可建立由股东诉请法院确定价格的制度，在这方面，法国公司法所确立的制度可资借鉴。关于股权的分类，可以从股东寻求权利救济的角度进行划分，对于股东寻求公力救济和公司内部救济等工具性的权利不应进行限制，与之相关的法律规范也应认定为强行性规范。　　在公司法具体规范没有明确对限制股东权利章程条款的效力进行规定时，可以依据商事法律的基本原则对公司法进行漏洞补充，克服法律的局限性，进行创造性司法活动，进而对诉讼争议作出科学的判决。基于公司章程具有契约与自治规约的双重属性，结合以救济手段为主要标准对股东权利的类型划分，对有限公司章程限制股东权利的效力判断可遵循以下路径和标准:首先是合法性判断，即章程限制股东权利的行为不得违反法律的强行性规定，否则无效;其次，在不违反法律强行性规定的前提下，应用效率的范式理论，衡量对股东权利的重新配置是否符合效率的原则;章程对股东权利的重新配置尽管富有效率，但若违反了权利义务的平衡配置，或造成了其它显失公平的情形，则权利人可以行使撤销权。