有机功能分子在高定向裂解石墨(HOPG)的自组装为纳米薄膜材料的制备提供了一个行之有效的方法。研究分子在HOPG表面的组装结构、分子间的相互作用、键接关系、分子的微观取向等，对有机功能薄膜的构筑具有重要的科学意义及应用价值。本论文以此为出发点，在HOPG表面构筑了有机分子的纳米结构，并利用扫描隧道显微镜(Scanning Tunneling Microscope:STM)技术对分子纳米结构进行了研究，以期为有机分子薄膜的制备提供理论与实验基础。论文内容主要包括：　　 一、烷氧基取代铜酞菁在HOPG表面的二维白组装结构　　 酞菁具有巨大的基础与技术意义，可用作颜料、染料、非线性光学材料、液晶、太阳能电池的感光剂以及催化剂等。本文利用STM，研究了八辛氧基铜酞菁(CuPcOC8)在HOPG表面构筑的纳米结构，发现分子在基底上形成具有两种对称性的吸附结构：六次对称结构与四次对称结构。两种吸附结构的存在是分子—分子作用与分子—基底作用相互竞争的结果。　　 二、1.3,2-Dioxaborines在HOPG表面的二维自组装结构1,3,2-Dioxaborine(DOB)类衍生物具有一系列有趣的物理、化学性质，可用作电荷传输材料、非线性光学材料等。本文利用STM在大气环境中研究了两个DOB衍生物(D5、D6)在HOPG表面的吸附结构。分子D5、D6分别为双核、三核DOB衍生物。D5形成条纹状结构。分子D6在石墨基底上吸附，形成由圆环组成的六边形结构。而每个圆环则由六个D6分子的末端形成，包括连接在氮原子上的噻吩环以及苯环。