举办独立学院是我国发展高等教育的一种新尝试。自上世纪90年代末至今,在短短十几年的时间里,独立学院迅速发展,在一定程度上缓解了我国高等教育资源的稀缺,对我国高等教育的发展进行了有益的探索,对新形势下教育公平的实现起到了重要的推动作用。同时,它也对政府教育行政职能的行使和转变提出了新的要求。独立学院作为新生事物,在其发展初期,在内涵建设、管理体制、资金筹措、办学定位等方面必然存在着一些问题,这就要求政府对其发展进行指导、协调、服务和监督。但现阶段我国政府管理独立学院的相关法规政策尚不够健全,监督管理职能较弱;同时,独立学院本身还存在着一定的缺陷,这就必然造成独立学院发展的困境。这些困境能否得到化解事关独立学院的发展前景,必将对其内涵建设和外延拓展产生巨大的影响。本文运用了实证研究方法,通过文献分析和比较研究,以政府的高等教育管理职能为切入点,全面梳理了独立学院的发展及现状,剖析了独立学院的发展困境,通过对实际案例的研究分析以及考察西方私立办学的成功经验,并结合中国国情,探讨了独立学院办学的基本理念、价值原则和办学思路,提出了独立学院化解困境的相关对策,对我国独立学院的健康发展进行了有益的探索。