以短串联重复序列为靶点的多重荧光定量分析体系——一种新的拷贝数变异检测方法的建立及在先心病遗传分析中的应用

来源 :南京大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:gebmmi
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目的:建立一种新的拷贝数变异检测工具:以短串联重复序列为靶点的多重荧光定量分析体系(QFMSA)。这一技术拥有可同时提供多态性信息和基因剂量信息的优势,因此相比于传统的拷贝数检测工具,该工具有更高的可靠性。我们进一步利用该工具研究了先天性心脏病患者中22q11.2区域的拷贝数变异的情况,获得了该区域缺失和重复的发病率,同时我们还研究了这些缺失和重复患者的症状特点。  方法:正常人群对照组由110名健康的江苏地区汉族个体组成。病例对照组取材来源于在南京大学医学院附属鼓楼医院和南京市儿童医院心胸外科进行心脏矫正手术的476名先天性心脏病患者,他们的先天性心脏病都得到了手术的证实。全基因组DNA分别从患者的外周静脉血中的白细胞中提取。然后,我们扫描了人类22号染色体基因组连续克隆系NT_01151 DNA序列,寻找出所有单拷贝的四或五核苷酸重复序列,然后针对这些序列设计引物,在110例正常人群中评价这些重复序列的多态性,选出高多态性的四或五核苷酸重复序列作为构建复合扩增体系得材料。进一步我们按照荧光多重扩增的引物设计原则反复修改引物序列。直到各引物的扩增产物达到以下的标准:毛细管电泳时拥有清晰而又单一的扩增带,25个PCR循环后有足够的产量,复合扩增后各个产物有合理的空间布局。另一方面,我们还引入葡萄糖六磷酸脱氢酶基因(G6PDH)中的一段序列进入复合扩增体系,作为正常产量对照。这样我们建立以短串联重复序列为靶点的多重荧光定量分析体系这一新的工具。利用该工具,配合MLPA和M-PCR,我们共检查了476名先天性心脏病患者的22q11.2区域的拷贝数变异的情况,所有发现的缺失和重复我们利用FISH进行了验证。  结果:共有五个微卫星(D22S873,22D_5_1,22D_4_5,22D_4_4和22D_4_3)因为多态性高和扩增清楚被选为复合扩增的材料,它们和一个内部参考(G6PDH)在同一个反应管内扩增。毛细管电泳结果显示所有引物都拥有清晰而单一的电泳峰,适合开展基因剂量分析。这样,我们合成了以短串联重复序列为靶点的多重荧光定量分析体系这一新的CNVs检测工具。利用该工具,我们在476个先天性心脏病患者进行了22q11.2区域的拷贝数变异的情况筛查,共发现了17个患者存在22q微缺失的患者(总数的3.6%)。另外我们还发现了一个22q11.2微重复(总数的0.2%)。检查结果与使用MLPA和FISH结果一致。  结论:1.QFMSA是一种能同时提供基因组目标区域的多态性和基因剂量信息的工具。它能高效的检查22q11.2微缺失和微重复。并拥有快速,便宜,适合高通量的优点。2.QFMSA是一种准确的检测拷贝数变化的工具。通过大规模的对比实验,我们测得QFMSA的假阳性率为0.00045,M-PCR为0.012,MLPA为0.0007。QFMSA的假阳性率最低。3.在中国先天性心脏病人群中,法洛氏四联征患者的22q11.2缺失率为11%。室间隔缺损患者的缺失率为1.7%。4.在中国先天性心脏病人群中,22q11.2微重复的发病率仅有0.2%,远低于缺失率。  5.22q11.2微重复患者的症状高度多变,除了已报道的各种症状,还可以出现主动脉弓中断,三尖瓣闭锁,肛门闭锁等症状。
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