与司法鉴定领域中其他专业(如法医学鉴定、财务鉴定等)的鉴定工作相比较，针对精神障碍的司法鉴定工作具有比较明显的特殊性、更大的困难性和常人难以理解的复杂性.正因为如此，在实际工作中才出现了很多令大家不理解的现象：不同鉴定人，不同鉴定机构对同一当事人进行的司法精神病学鉴定，得出的鉴定意见常常不一致、甚至是相互矛盾；或者是鉴定虽然常常重复多次进行，而各方当事人却对鉴定意见的满意度依然比较低。这些特殊性、困难性和复杂性体现在多个方面： (1)专业发展的历史短暂，作为独立的专业学科，法律精神医学(司法精神病学的上一级学科)体系是在20世纪70年代中期才在国外逐渐建立起来的，国内的发展历史一般被认为1980年开始实施《中华人民共和国刑法》之后。(2)西方引进科学与东方文化之间存在的不适应性。(3)法律精神医学所具有的医-法双重属性，因为跨越了自然科学的医学专业和人文社会科学的法学专业这两大学科领域，所以法律精神医学是一个多学科交叉的专业学科。(4)医学概念与法学概念之间直接违背逻辑学基本原则的“跳跃性”，尤其是在司法鉴定过程中，根据被鉴定人是否罹患精神障碍的医学意见来推论其法定能力。(5)有关法律法规的滞后性和鉴定制度的欠缺性，尤其是自1985年开始酝酿、起草的《中华人民共和国精神卫生法》迟迟不能出台，而其他相关的法律法规又严重缺失和不健全，使得很多具体工作因无法可依而难以顺利开展。(6)鉴定管理体制内部制约机制的缺失性，使得鉴定机构和鉴定人失去了某些约束，法庭质证强度不足，法官对鉴定意见的审查只能流于形式，而专业的学术组织在技术层面“有名无实”的监督连基本的形式都没有。(7)法定能力鉴定主体的“超专业性”，即司法精神病学鉴定人在鉴定过程中不仅提出精神医学的诊断意见，同时也提出超越医学专业的法律鉴定意见，即法定能力。(8)因此，司法精神病学鉴定意见就具有了不同于其他专业技术性鉴定的特点——裁判性.(9)鉴定机构管理的不规范性，即各个鉴定机构分别隶属于不同组织，缺乏有效统一的管理机制，缺乏沟通和交流。(10)鉴定人员整体素质的参差性与知识结构的局限性，主要是医学背景的鉴定人缺少基本的法学意识和法律知识。(11)不同鉴定主体之间主观认识的差异性，这种情况虽然在其他专业领域也存在，但在司法精神病学鉴定工作更突出。(12)法医学鉴定人跨专业鉴定的“积极参与性”，即缺乏精神医学知识的法医学鉴定人也参与进行司法精神病学鉴定。(13)鉴定人职业思维的习惯性，即司法精神病学鉴定人长期临床工作所形成的“有病推定”思维不符合鉴定工作的中立原则。(14)心理学等母体学科的主观性与以主观方式进行鉴定的方法局限性。(15)鉴定内容与对象(精神活动)的主观性。(16)某些法学人员对精神障碍司法鉴定极强专业特点的忽视性。(17)法官对鉴定意见的高度依赖性。(18)法律精神医学特有的“艺术性”和经验性。(19)被鉴定人病史材料来源的特殊性与复杂性，主要依赖主观的“证人证言”，且提供证言的证人往往与被鉴定人有某种利害关系。(20)导致精神障碍的原因90％以上不明确，常常难以确认。(21)精神症状表现的复杂性与矛盾性，此一时彼一时的情况非常多见。(22)所鉴定之时间的延迟性和回顾性，鉴定的事件基本是发生在若干时间之前。(23)检查、鉴定时间的仓促性，难以全面观察。(24)鉴定人与被鉴定人之间不同于普通“医-患”关系的特殊性。(25 各方当事人出于己方利益对鉴定意见接受程度的不一致性。(26)社会舆论的压力与长官意志的干扰性。(27)评价异常精神活动时掺杂的社会性与道德性。(28)公众认识水平的落后性。