【摘 要】
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目的初步研究大肠杆菌中基因组水平的蛋白质-RNA相互作用(protein-RNA interactions,PRI)。方法通过RNA酶消化细菌裂解液,提取与蛋白质相互作用的RNA片段,构建cDNA文库,进行
【机 构】
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军事医学科学院基础医学研究所,军事医学科学院放射与辐射医学研究所,
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目的初步研究大肠杆菌中基因组水平的蛋白质-RNA相互作用(protein-RNA interactions,PRI)。方法通过RNA酶消化细菌裂解液,提取与蛋白质相互作用的RNA片段,构建cDNA文库,进行高通量测序,并通过生物信息学分析获得与蛋白质结合的转录本。结果获得了与蛋白质结合的3193条转录本,涉及2234个mRNA、47个sRNA(small regulatory RNAs)、39个tRNA、11个rRNA以及862个基因间区(intergenic region,IGR)。结论初步获得大肠杆菌中与蛋白质相互作用的转录本信息,为进一步开展PRI研究提供了支持。
Objective To study the genomic level of protein-RNA interactions (PRI) in Escherichia coli. Methods The bacterial lysate was digested by RNase, RNA fragments interacting with proteins were extracted, cDNA libraries were constructed, high-throughput sequencing was performed, and protein-binding transcripts were obtained by bioinformatics analysis. Results 3193 transcripts were obtained, which involved 2234 mRNAs, 47 small regulatory RNAs, 39 tRNAs, 11 rRNAs and 862 intergenic regions (IGRs). Conclusion The preliminary transcript information of protein-protein interaction in Escherichia coli is provided, which supports the further research on PRI.
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