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甘蔗是重要的糖料作物和可再生的能源作物。由于甘蔗为无性繁殖作物,容易造成品种(系)的混杂。甘蔗具有高度杂合及复杂的基因组结构,且当前栽培种遗传基础狭窄,加大了甘蔗品种遗传改良的难度。利用分子标记技术建立甘蔗品种(系)的指纹图谱,研究中国不同甘蔗品种以及野生种质的遗传多样性,对保护育种者的品种权以及扩宽杂交亲本遗传基础具有重要意义。单重复序列SSR标记具有多态性高、呈共显性等优点广泛应用于植物遗传多样性研究。为此,本研究利用SSR分子标记和两套不同的检测系统(毛细管电泳CE,聚丙烯酰胺凝胶电泳PAGE),以21对甘蔗基因组SSR引物开展以下两方面研究:首先,建立了 91个经国家(省)鉴定的甘蔗新品种分子指纹图谱数据库,同时评估这些品种的遗传多样性。结果表明,通过毛细管电泳检测方法鉴定出了 151个SSR多态性位点,而用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测方法只鉴定出了 117个SSR多态性位点。其中SMC335BS、SMC31CUQ和SMC597CS引物在两套系统中均扩增出大于8个的多态性位点。在毛细管电泳检测结果中,这21对SSR引物的多样性指数(PIC)变化幅度为0.71-0.98,平均值为0.90;而聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果PIC值变化幅度为0.55-0.95,平均值为0.84。根据毛细管电泳检测结果,用UPGMA聚类分析将这91个甘蔗品种进行归类,结果表明,这些甘蔗品种可以分为四大组群,组间品种相似系数为61-93%。其次,以 5 个甘蔗属野生种(S.officinarum,S.spontaneum S.robustum,S.barberi,S.sinense)、1个蔗茅属野生种(E.arundinaceius)和8个甘蔗杂交种为材料,共计45个品系,研究它们的群体遗传结构和遗传多样性,筛选可优先应用于甘蔗遗传多样性研究的核心SSR检测引物。实验结果显示,利用毛细管电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测方法,分别检测到了 167和120个SSR多态性位点,多态性指数PIC平均值分别为0.94和0.92。根据这21对SSR引物的毛细管电泳检测结果,采用系统发育分析和主成分分析将45个品系可以被分为7个组群,与它们的属种分类水平相一致。此外,本研究结果还表明,这21对SSR引物中,具有丰富多态性的6对SSR引物SMC31CUQ,SMC336BS,SMC597CS,SMC703BS,mSSCIR3 和 mSSCIR43 可以作为核心引物,应用于甘蔗品种(系)以及野生种质的分子鉴定、遗传多样性等方面的研究。