随着高等教育市场化进程的加速，民办高等教育已经成为教育事业不可缺少的重要组成部分，扮演着越来越重要的角色，承担起高等教育大众化的历史使命。但在发展过程中，民办高校存在治理结构不健全、产权不清、激励机制缺乏等许多问题。建立和完善民办高校的治理结构是解决上述问题的根本途径。 本文首先对中国民办高校及其治理机构进行了界定，认为一个完善的高校治理机制应该包括内部治理和外部治理两个层面，外部治理是内部治理实施的框架和约束，内部治理则以外部治理为基础，是外部治理的内生性制度安排。 本文重点以新公共管理理论为研究视角，采用实证分析、规范分析和比较分析等研究方法，运用文献检索、网络搜寻、调查分析等手段，对中国民办高校的内部和外部治理结构进行了系统的研究。 通过对民办高校内部治理和外部治理的系统研究和国际比较，笔者认为，在法律清楚界定民办高校产权以及最终控制权的基础上，通过政府职能从微观干预到宏观规制的转型，健全董事会领导下的校长负责制，采取“利益相关者共同治理”的模式，是符合我国实际的民办高校治理发展道路。