改革开放以来，加工贸易一直是我国对外贸易快速增长的主要组成部分，加工贸易进出口总值从1980年的16.7亿美元发展到2008年的10535.8亿美元，增长了630倍，加工贸易占对外贸易进出口总值的比重从5％上升到41％，已经成为我国对外贸易的半壁江山。加工贸易的发展提升了我国产业水平，扩大了就业，特别是对深化改革，扩大开放、加快新型工业化建设的进程作出了很大贡献。经过30年的快速发展，为进一步提升我国在全球生产价值链上的分工地位，更好地适应国际国内两个市场，加工贸易必须通过转型升级提升整个产业的竞争力。　　作为国家进出境管理机构，海关面临着如何“引导加工贸易转型升级”这一难题和挑战。长期以来，海关保税加工监管工作定位存在偏差、法律法规滞后、管理模式落后，超常规发展的加工贸易业务量与相对有限的海关监管资源之间的矛盾也日益突出，改革迫在眉睫，这不仅是我国经济发展的必然要求，是实现我国从“贸易大国”向“贸易强国”这一战略目标的基本要求，也是海关职能的本质要求。　　本文结合流程再造理论，对海关保税加工监管目前存在的问题进行分析，对整个保税加工监管体系进行全面的反思，简析如何对海关整个保税加工监管业务流程进行全局性的系统分析、改造，明确海关保税监管改革的目标是实现有效监管与高效运作的有机统一，以此促进加工贸易的转型升级。　　本文对现有保税加工监管流程进行诊断，通过找出海关保税加工监管过程中的关键点，分析海关监管当前存在的问题，提出实施海关保税监管流程再造改革的方向和措施，有针对性的做好流程再造工作:一是实施全过程风险式管理，开发专门的加工贸易监控分析系统、完善企业分级分类管理制度，对资信、守法程度不同的企业实施不同的监管措施，将风险管理手段渗透到各个作业环节，实现加工贸易发展情况分析、监管质量测评和动态监控;二是清理海关行政审批项目，分清管理职责，简化审批程序，健全完善加工贸易监控分析的月报、季报和年报制度，将一些事务性、专业性较强的工作让渡给社会，使海关从繁重的事务管理中解放出来，将精力集中在海关核心工作上;三是建立加工贸易企业经营范围和生产能力电子底帐，逐步实现电子帐册全面取代纸质登记手册，推广联网监管，最终实现无纸通关;四是构建统一的“加贸平台”，成立“备案审批及风险中心”，实现合同集中审批的专业化和集约化管理;五是通过推行内外勤分离作业制度，重新配置人力资源、健全海关核查制度、加强事后稽查，集中力量加强保税加工业务的实际监管。　　与此同时，还应做好与之相配套的一些工作:一是建立一支高素质的管理者队伍，着力培养保税加工监管的专家型人才;二是建立强大的科技保障，只有充分发挥科技应用的先导和基础作用，才能切实提高保税加工监管的风险管理和监控分析水平;三是建立健全配套的法律、法规，明确监管各环节、各部门、各岗位人员相应的法律责任，做到权责明晰、相称;四是建立多种形式的海关税收担保及保全机制，以保障国家税收，减轻企业负担;五是发挥综合治理的整体效能，充分调动海关系统内、外各部门力量，引导企业提高守法自律意识，形成保税加工监管综合治理局面。