以政治系统理论为分析框架，从乡村治理结构的历史变迁和转型期乡村治理实践两个维度来展开叙述，分析了转型期乡村治理的结构性困境，提出了后农业税时代乡村治理结构的改革路径。 第一，对我国乡村治理结构的历史演变进行了梳理。从历史变迁的维度来看，中国乡村治理结构主要经历了传统时期的“县政乡治”、清末民初的经纪体制、建国初期的人民公社体制和改革开放以来的“乡政村治”的结构演变过程。 第二，对转型期乡村治理的结构困境进行了系统分析。由于压力型体制的过分彰显和农民的低组织化，乡村治理的中层结构--乡村两级组织发生了功能性病变：县级政府对乡镇政府的绝对控制和超额输入，使乡镇政府在价值取向上“亲上疏下”，在行为效应上政府自利性过度膨胀，乡镇政治系统出现了向上制度性说谎和向下加重农民负担、公共服务短缺的“输出失灵”现象，合法性基础不断减弱；村庄保护型治理精英在农民负担沉重的治理环境下，纷纷选择退出村级组织，赢利型精英乘机钻进村级村庄权力体系，进一步加大了对农民的压榨索取，村级组织及其精英对农民的经济利益和政治诉求进行吸纳整合的“守门者”功能丧失，治理权威不断流失；处于原子化失语状态的农民面对乡村两级组织的过度索取，只能采取越级上访、暴力抗税及日常反抗等非制度化政治参与方式，直接导致农民和基层政权冲突升级恶化，农村社会出现严重的治理危机。 第三，提出了乡村治理结构的改革路径。后农业税时期的乡村治理结构应按照权力均衡化、利益异质化、信息对称化的逻辑理路进行重构。具体路径是：在县乡管理体制上，实现从压力型体制向合作体制转变；在乡村关系上，实现从管制型向服务型转变；在村级组织和农民的关系上，实现从权威性自治向代表性自治转变；在乡镇政府与农民的关系上，实现从国家授权向社会授权的转变；在农民政治参与结构上，实现从个体式参与到团体式参与的转变；最终实现乡村社会的善治、和谐与发展。