近年来,政府部门对高校科研项目的资助力度逐年增强。建立与完善科研项目的绩效评价体系能促进高校科研上水平。对高校进行政府投入科研项目的有效绩效评价可以辅助高校进行科研管理。高校科研项目的种类多样,且在高等院校政府投入科研项目中以自然科学类项目为主。故本文研究高等院校政府投入自然科学项目的绩效。本文主要运用复杂网络、管理学、绩效评价相关理论,采用实证分析的方法,在借鉴国内外相关研究基础上,研究高等院校科研项目的绩效评价,研究的主要内容如下：基于高校科技部门管理者的视角,根据科研项目的立项、执行、结题等环节,依据绩效评价指标体系的相关理论及高校科研项目的类型,结合实际情况,构建高校政府投入科研项目绩效评价指标体系。在对湖北省高校进行政府投入科研项目调查研究的基础上,提出了适于评价湖北省高校政府投入科研项目的绩效的指标体系。为了分析指标在绩效评价过程中的重要性,提出了指标数据的处理方法及指标权值的计算方法。基于湖北省高校政府投入科研项目的调查数据,分别利用专家评价法、变异系数法、熵权法及复相关系数法对指标进行赋权,并合理综合每个指标通过四种赋权方法所得的权值,最终得到了能够反映各指标在综合评价过程中的地位和作用的综合权值。权值的大小体现了该指标在绩效评价过程中的重要性。比较各一级指标的综合权值发现,科技基础一级指标与科技产出一级指标的权值较高,表明高等院校科技项目绩效水平的高低更多地依赖于高等院校科技基础实力与科技产出成果的质量。为了挖掘指标间复杂的相互作用关系,提出了基于互信息度量指标间相关性的方法。基于湖北省高校政府投入科研项目的调查数据,发现部分科研基础指标与科技产出指标间存在紧密联系。本项研究从理论上分析了高校政府投入科研项目绩效评价指标间的关系,为高校科研管理部门工作者管理科研项目提供参考。从绩效评价的目的出发,构建高校政府投入科研项目绩效评价系统,该系统包括科技实力综合模型、科技投入倾向分析模型、科技投入效率模型以及综合绩效模型,并把湖北省参研高校在上述模型上进行了初步应用。通过构建的湖北省高等院校的科技实力模型,科技投入效率模型、科技投入倾向性模型以及科研项目综合绩效模型,分析湖北省18所高等院校科研项目绩效特点。我们发现985高校优于211高校,211工程高等院校的科技实力稍逊于两所985工程高等院校,但优于大部分的普通高等院校；政府对科技投入在逐年增加,主要投向211和985高校；湖北省985和211高校的科技投入与获得的科技产出较为稳定；湖北高校的综合绩效呈稳定上升趋势,武汉科技大学和武汉理工大学的综合绩效最好。基于对湖北省典型高等院校的调研数据的实际情况,对湖北省典型高校进行了实证分析。同时,对湖北高校的发展提出了建议。