隐性交易成本作为衡量市场运行效率的综合指标一直是证券市场微观结构理论的重要研究内容。目前对我国证券市场隐性交易成本的研究仅局限于主板市场，创业板市场作为一个新兴的市场，它具有高风险、高股价和小规模的特点，那么这些特点是否会影响创业板市场微观结构的特征?这是本文研究的出发点。　　 为了保证本文研究结果的稳定性，本文从买卖价差的角度选取了隐性交易成本的两种衡量指标进行研究。因为目前对隐性交易成本的衡量并无统一、准确的指标，因此本文采用比较研究法，即通过与主板市场和中小板市场的对比达到研究创业板市场隐性交易成本的目的。本文以创业板市场2011年1月前上市的153支股票和中小板指数P、深成指、上证50指数中所包含的股票为研究样本选择范围，最终选取数据齐全且没有异常交易行为的116支股票为研究样本。在统计方法上，本文以10分钟为一个时间单位，把一天的交易时间分为24个时段，然后采用简单算术平均得到本文所需的相关变量。本文主要从三个方面对创业板市场隐性交易成本进行研究：一是首先分析创业板市场隐性交易成本的影响因素，在此基础上分析创业板市场隐性交易成本的日内变动特征，并对创业板市场的隐性交易成本作横向和纵向的比较研究；二是通过对创业板市场指令持续的概率进行分析来判断创业板市场“跟风”行为的程度；三是尝试着研究了大额交易对隐性交易成本的影响情况。　　 经过实证研究，本文得出以下结论：(1)创业板市场隐性交易成本在日内呈现出“L”的变动模式，但与主板市场相比，创业板市场在第一个时段隐性交易成本高于全天其他时段隐性交易成本的程度更大。(2)创业板市场的平均指令持续概率为74.82％，远远高于主板市场的研究结果，说明创业板市场中散户投资者的“跟风”现象较为严重。(3)由于创业板市场流动性供给不足，造成创业板市场的大额交易往往具有较大的隐性交易成本。(4)在创业板市场上，风险是隐性交易成本的主要影响因素。风险与隐性交易成本正相关，交易价格与隐性交易成本负相关，并且相比于主板市场而言，交易价格对隐性交易成本的影响程度有所降低。(5)创业板市场的平均隐性交易成本是中小板市场的1.19倍，高出1.58个基点；是主板市场的1.31倍，高于2.33个基点。这说明创业板市场的总体运行效率有待于进一步提高。结合隐性交易成本的影响因素分析，发现造成创业板市场隐性交易成本较高的主要原因有两个：一是创业板市场的风险较大，二是创业板市场股票的交易活跃程度明显较低。　　 本文的实证结果表明：创业板市场高风险的特点造成创业板市场的隐性交易成本较高；同时因为创业板市场上的股票有流通股比例占比较低，从而使创业板市场的流动性供给相对不足；创业板市场在早市开盘时受信息不对称的影响程度较大。