哲学在大多数情况下并不意于指导自然科学，而自然科学却常常主动叩响哲学的大门。爱因斯坦曾深有感触地说，“物理学当前的困难，迫使物理学家比其前辈更深入地去掌握哲学问题。”科学止步的地方，往往就是哲学运思的空间。还原论与整体论的交锋、系统科学整体论思想在当下的彰显，即印证了这个道理。　　 本文之所以要以系统科学的整体论思想为核心进行研究，是因为当前科学的发展变化要求一个与之相适应的全新的世界观。这个世界观不是经典科学所反映的牛顿一笛卡尔式机械还原论的、原子论的世界观，而是系统科学所揭示的生成整体论的、信息论的世界观。笔者认为有必要对这种从新的角度揭示世界秩序的生成整体观进行探索，而以此为切入点，对经典科学与系统科学两种不同形态科学的研究纲领进行比较研究，亦不乏学术价值。　　 近代科学革命以来，随着科学研究越来越深入到更小尺度的微观层次，人们对物质系统的认识越来越精细，但对整体的认识却越来越丧失。现代系统科学研究表明，许多宇宙奥秘来源于系统整体的突现性。从新质突现角度揭示宇宙奥秘，是还原论方法所无法企及的，因为真正的整体突现性在整体被分解为部分时已不复存在。　　 人类的社会实践也越来越大型化、复杂化，特别是人类社会面临着一系列全球问题的形成，从整体上认识和处理问题的要求就显得更加重要和迫切。　　 本文以科学史为基础，以整体论为切入点，以系统科学整体论思想孕育、发生、发展、演化的进路为研究的核心问题，着力提出系统科学发展过程中，整体论思想从“结构整体论”到“进化整体论”再到“生成整体论”的演进路线，并对其哲学意义进行论述。　　 在论证方式上，本文采用明暗两条线。明线：以整体论为关键词和切入点，研究系统科学内部整体性思想的发展，并揭示出一条整体论思想的演进路线；暗线：以还原论与整体论的对抗为线索，对众多哲学范畴进行新的解读与比较，以期达到对两种科学范式进行比较研究的目的。　　 围绕本主题，论文主要做了以下几方面的工作(即主题线索)：　　 1、梳理“整体论”思想在科学史上出场的缘由及其发展演变。　　 (以还原论与整体论分庭抗礼的历史为线索展开论述)　　 2、揭示系统科学内部“整体论”思想演进的逻辑(提升出三步曲)。　　 3、在整体观照下，对一些哲学范畴进行新的诠释与解读。　　 系统科学是研究“整体”或“整体性”的科学。本文通篇以“整体论”为核心关键词，以系统科学为主要研究领域，辐射出一系列的比较研究：整体论与还原论的比较、系统科学整体思想与经典科学整体思想的比较、构成性整体与生成性整体的比较、系统科学整体观与中国古代整体观的比较、系统范式与经典科学范式的比较、等等。这些比较研究也是本项研究的理论意义所在。　　 具体章节安排如下：　　 第一章，揭示还原论的历史嬗变，分析还原论产生的文化背景、自然观基础及其在近代科学中确立的标志。并分不同领域对还原论与整体论之争做了论述；　　 第二章，梳理中国古代整体论思想及西方整体思想的历史进程。着重论述了中国古代整体思想的来源、这种思想与科学的关系、及该整体论自然观与西方自然观的差异，从中发掘出其独到的优势。为中西整体思想的比较做铺垫；　　 第三章，提炼系统科学整体论思想发展三步曲：结构整体论一进化整体论一生成整体论；重点探讨整体论在系统科学中发展演化的线索及内在逻辑，即整体性的外在表现-内在机制-生成根源；并总结了系统科学整体性思想的关系性、过程性、历史性、信息性等几大特征。　　 第四章，以量子力学和综合集成法为例，分别从理论和实践两个方面论述还原论与整体论的互补性。阐明研究整体论的目的并不是要彻底否定还原论，二者都为人类思想史做出过卓越贡献；本研究只是选取了当今科学发展的核心方法论原则--整体论视角进行研究，呼吁一种整体论统领下的还原论与整体论的新综合。　　 第五章，回应本研究主题，从整体观的视角下总结比较研究的结果，主要包括对经典科学与系统科学范式的比较研究、不同科学形态之整体观的比较。并总结本研究的意义：揭示结构整体论向生成整体论的转向，揭示系统科学整体观的精神实质是整体观照下人与自然的新对话。