随着城市化进程的加快，城市发展将由独立的各别中心城市的发展演变为以一个或者多个中心城市为核心的都市区的发展，这一演变和发展过程就是都市区化的过程。国内外大都市区发展的经验表明，在都市区化过程中会存在各个方面的政府治理碎片化问题，因此，大都市区政府治理碎片化问题的解决成为大都市区治理的关键所在。　　本文在梳理前人重要理论观点的基础上，明确了国内外对于大都市区的不同界定，大都市区的碎片化问题体现以及治理大都市区碎片化问题的理论观点和实践方法。以“委托-代理”理论为分析依据，从政府职能角度分析了大都市区碎片化的内在逻辑和产生原因，在此基础上梳理了不同时期对待城市化及都市区化问题政府职能部门的相互作用及治理思路，指出对于大都市区政府治理碎片化问题的解决可以从整体性的治理思路出发，打通政府组织间的横向壁垒，通过基于第三方的协调机制和部门间组织关系的调整达到都市区治理目标。以合肥大都市区为研究对象，阐述合肥大都市区政府治理碎片化问题的典型体现。通过对合肥大都市区政府治理碎片化问题产生原因的分析，指出在省直管县的财政管理体制下，市县财政分离进而导致的市县关系以及行政权制度与财政制度的冲突是导致合肥大都市碎片问题产生的根源。同时指出由于省直管县财税管理体制的存在，导致的城区与大都市区发展不相适应、财税体制冲突和规划体制的本位化是合肥大都市区碎片化问题表现的具体原因。由此说明大都市区碎片化问题的出现不仅仅是能够出现在跨行政区划的地域，在同一行政区范围内因财税制度等其他原因同样也会导致大都市区碎片化问题的出现。最后，基于理论分析和实际案例情况，为大都市区治理碎片化问题，特别是针对合肥大都市区政府治理碎片化问题提出解决思路。