为了激发社会组织在国家治理体系与治理现代化建设中的积极作用，党和政府对社会组织管理体制不断进行适应性调整。2013年国务院颁布《国务院机构改革和职能转移方案》，四类社会组织实现了直接登记，由此社会组织由“双重管理”步入“混合管理”体制阶段，也使得监管方式进行了巨大转变，从“归口管理”转变为“综合监管”。A市作为中南地区重要的中心城市，社会组织发展程度较高，并孕育了一批国内知名的环保社会组织。然而，A市社会组织管理体制的改革不仅对社会组织发展的数量及其能力建设产生了重大影响，也对社会组织登记和管理的相关管理主体提出了新的挑战。尤其是在直接登记和双重管理并存的混合管理体制下，各部门没有形成协调配合的综合监管机制，社会组织监管出现“九龙治水”的局面，如何有效实现对社会组织的综合监管也成为A市地方政府亟待解决的重要问题。
　　本文以中南地区的A市为研究样本，通过文本分析和实地访谈，对社会组织的登记管理机关及相关职能部门进行追踪调查，将社会组织综合监管置于微观环境下进行分析，并在结构功能主义理论、跨部门合作理论的基础上，描述社会组织综合监管的框架，勾勒地方政府进行综合监管的策略偏好。立足于A市社会组织综合监管的演变过程，通过对地方政府综合监管的结构要素分析，从监管理念、监管主体、监管制度三个维度进行阐述，表明A市社会组织综合监管结构给社会组织发展带来的影响。同时，通过多次田野调查与访谈追踪，探索A市社会组织综合监管的运行机制，发现社会组织综合监管机制存在激励不足、问责有限、合作不畅等问题，综合监管不能发挥其应有作用，影响社会组织进一步发展。结合个案，为更好地构建社会组织综合监管体系，促进社会组织运行管理机制更加完善，总结应对策略：完善法律体系明确部门职责范围、强化激励机制确保官员积极性、完善问责机制规范官员行为、提高部门间合作的资源保障能力等对策建议。