自1991年以来，我国先后批准建立了54个国家高新技术产业开发区(以下简称国家高新区)。在改革开放和持续技术创新的推动下，54个国家高新区一直保持着经济高速发展的态势，取得了令人瞩目的成就，成为区域经济发展的催化器、高新技术产业化的孵化器、城市化进程的加速器。尽管54个国家高新区取得了快速的经济发展，但对照国家建设国家高新区的宗旨，国家高新区在现实的发展过程中，由于多种因素的影响和干扰，国家高新区的宗旨和功能并没有完全实现，而是出现了一些偏离和异化，影响了国家高新区作用的发挥。本研究选取国家高新区的功能发展作为研究对象来探讨国家高新区的发展机理，在对国内外高新区理论研究进行综述的基础上，探讨国家高新区发展过程中的功能异化与偏离的表现、原因，以及对国家高新区发展的影响，提出国家高新区实现功能回归与提升的必要性、迫切性及目标，探讨建设创新型高新区的发展机制，并以南京高新区为例，进行实证分析。主要内容如下： 第一章，绪论，提出本文的选题背景与意义、研究的主要内容、基本思路、框架结构。 第二章，从高新区的功能解说理论、区域创新系统理论、发展评析等方面回顾了中西方研究的进展，并从理论体系建设、研究内容和研究方法等方面对以往研究进行评述，最后对高新区功能定位相关理论进行了综合，探讨建设创新型、学习型国家高新区的理论基础，提出了国家高新区功能定位评价的理论标杆，构建了创新型高新区创新能力与绩效评价的指标体系，建立了本论文研究的理论基础。 第三章，国家高新区的预设功能评析。主要分析国家高新区的预设功能及其逻辑关系，研究国家高新区的时空发展、预设功能的提出背景，阐述国家高新区预设功能的合理性。 第四章，国家高新区功能异化与偏离的表现、原因及其影响。从国家高新区产业开发、孵化培育、综合改革等方面考察国家高新区现实功能与预设功能的主要差异，建立了评价高新区功能偏离程度评价的量化模型，并对国家高新区功能异化与偏离的程度进行了分类，进而研究了国家高新区功能异化与偏离的原因，分析国家高新区功能异化与偏离对其发展的影响。 第五章，国家高新区功能回归与提升的目标。提出了国家高新区功能回归与提升的基本导向；探讨国家高新区的基本功能——孵化与培育，一般功能——辐射与扩散，特殊功能—专业园区，构建基于创新功能定位的国家高新区发展网络体系． 第六章，国家高新区功能回归与提升的对策。主要研究了三个方面的内容。即：(1)国家高新区创新机制的构建；(2)国家高新区创新环境的培育；(3)国家高新区创新空间的优化。 第七章，南京高新区功能定位的实证研究．从南京高新区发展的条件与背景入手，分析南京高新区的功能演化历程，研究南京高新区“二次创业”的功能定位，系统总结了南京高新区创新功能以及创新模式的发展，提出了高新区三种具有特色的创新模式，即原创性自主创新及产业化、跨国并购后消化吸收再自主创新、优势环境吸引集聚创新及产业化，在此基础上，对南京高新区“二次创业”的发展策略进行了思考。 第八章，结论与讨论。总结了本文研究的主要结果，对下一步的研究进行展望。