【摘 要】
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目的 应用生物学软件预测幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)ompP1基因编码蛋白(OmpP1)的结构与功能. 方法 从NCBI数据库中获取ompP1基因的相关信息,应用软件MEGAX 10.0.5构
【机 构】
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郑州大学公共卫生学院流行病与统计学教研室,河南郑州,450001
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目的 应用生物学软件预测幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)ompP1基因编码蛋白(OmpP1)的结构与功能. 方法 从NCBI数据库中获取ompP1基因的相关信息,应用软件MEGAX 10.0.5构建Hp进化树,应用生物信息学软件分析OmpP1蛋白的氨基酸序列、理化性质、跨膜区、信号肽、糖基化和磷酸化位点、空间结构以及抗原表位.结果 ompP1基因核苷酸序列编码区长1 764 bp,编码587个氨基酸;生物信息学分析显示ompP1基因在不同菌株间的同源性为96.2％～97.17％,其编码的OmpP1蛋白是一种性质稳定、偏碱性的亲水蛋白;该蛋白无跨膜区和信号肽,含有糖基化和磷酸化位点;OmpP1二级结构中含α-螺旋178个,延长链162个,β转角37个,无规则卷曲210个,分别占30.32％、27.60％、6.30％和35.78％;三级结构分析显示OmpP1含有OM_channels蛋白家族特征性结构域;BepiPred1.0和SYFPEITHI9预测该蛋白含有22个B淋巴细胞和28个CTL淋巴细胞相关抗原表位. 结论 Hp OmpP1为碱性亲水性蛋白,含有T、B细胞抗原表位,可为其抗原性研究和高效表位疫苗的研发提供理论参考.
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