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公司制基金管理公司是依照《中华人民共和国公司法》设立的基金管理公司，投资人通过投资成为公司股东，以出资额为限承担公司责任和享有《公司法》所规定的一切股东权利。
有限合伙制基金管理公司是依照《中华人民共和国合伙企业法》设立合伙企业，投资人分为有限合伙人和普通合伙人：有限合伙人（Limited Partner，简称LP）以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任；普通合伙人（General Partner，简称GP）对合伙企业债务承担无限连带责任。有限合伙的核心机制是为专业投资人才建立有效的激励及约束机制。激励主要表现在：在出资比例方面，有限合伙人（LP）出资比例很高，普通合伙人（GP）出资比例很低；而在收益分配方面，有限合伙人能够获得收益的80%，普通合伙人能够获得收益的20%。约束主要表现在：有限合伙人以出资额为限对企业债务承担有限责任；普通合伙人在已收到的管理费，以及所投资的项目退出后分配的利润中，拿出一定比例的资金存入特定账户，在基金或某些投资项目亏损或达不到最低收益时，用于弥补亏损或补足收益的机制，即回拨机制。
基金管理的两种不同设立方式，决定了各自的优劣势：
一、成立基础和承担责任分析
公司制基金管理公司要遵循《公司法》，具有独立的法人主体资格，股东以其认缴的出资额为限，对公司承担责任。
合伙制基金管理公司要遵循《合伙企业法》关于企业合伙的相关规定，不具有独立的法人主体资格。有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成，普通合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任。按《合伙企业法》第三条规定，“国有独资公司、国有企业、上市公司以及公益性的事业单位、社会团体不得成为普通合伙人。”只能成为有限合伙人，在合伙企业中承担所出资有限责任。
二、从税收分析
自然人股东在公司制基金管理公司所得税方面存在双重征税的情况，一方面公司制基金管理公司作为法人主体，需要依法缴纳企业所得税；另一方面如自然人作为公司股东在分红后还要缴纳个人所得税。国有企业在投资公司制基金管理公司所得税方面不存在双重征税问题，收到基金管理公司在缴纳所得税后分配的净利润时，税务机关将根据双方执行的所得税率情况进行清算，如同为25%的所得税率，即不存在一分钱的重复征收。
合伙制基金管理公司在税收方面不存在双重税收的情况。合伙企业作为非法人机构，不需要缴纳企业所得税；仅仅是合伙人在进行利润分配后如为自然人需缴纳个人所得税，公司制合伙人将分红收入并入该企业收入计算缴纳企业所得税。
三、从设立和退出成本分析
公司制基金管理公司需要在工商行政管理部门进行登记注册，设立程序较为复杂。如果投资人希望结束投资，退出程序也较为复杂，所需时间也较长。
合伙制基金管理公司与公司制基金管理公司类似，也需要经过一定的设立程序。在投资人退出方面，合伙制基金管理公司相对较更为简便。
四、从激励机制分析
公司制的一个显著不足就是对基金管理公司经理的激励机制可能存在不足的情况。在公司制基金管理公司中，收入的多少和投资人的股权比例相匹配，而作为基金实际管理者的基金管理公司经理，可能由于持股比例较低或者公司业绩激励不足而导致收入较低。
有限合伙制相对于公司制的一个显著优点就是激励机制到位明晰。目前的市场惯例是：在出资比例方面，有限合伙人（LP）出资很高，普通合伙人（GP）出资很低；而在收益分配方面，有限合伙人能够获得收益的80%，普通合伙人能够获得收益的20%；在责任承担方面，有限合伙人以出资额为限对企业债务承担有限责任，而普通合伙人承担无限责任。这种组织方式较好地保证了对普通合伙人的激励。
综上，公司制和有限合伙制基金管理公司这两种形式各有千秋：有限合伙的优势突出在激励和运作机制灵活自由，避免对个人股东双重征税，是个人投资者的较好选择；公司制的优势突出在按法人治理结构运作，股东出资多则对公司控制力强。国有投资人如选择有限合伙制的设立形式，因法律规定国有投资人不能出任GP，对合伙企业没有控制力，那么，国有投资人对GP的选择就非常关键，一般应采用公开比选的方式，并通过律师事务所等中介机构，对GP的实力、能力和诚信等各方面进行资信调查等方式，防范投资风险。
有限合伙制基金管理公司是依照《中华人民共和国合伙企业法》设立合伙企业，投资人分为有限合伙人和普通合伙人：有限合伙人（Limited Partner，简称LP）以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任；普通合伙人（General Partner，简称GP）对合伙企业债务承担无限连带责任。有限合伙的核心机制是为专业投资人才建立有效的激励及约束机制。激励主要表现在：在出资比例方面，有限合伙人（LP）出资比例很高，普通合伙人（GP）出资比例很低；而在收益分配方面，有限合伙人能够获得收益的80%，普通合伙人能够获得收益的20%。约束主要表现在：有限合伙人以出资额为限对企业债务承担有限责任；普通合伙人在已收到的管理费，以及所投资的项目退出后分配的利润中，拿出一定比例的资金存入特定账户，在基金或某些投资项目亏损或达不到最低收益时，用于弥补亏损或补足收益的机制，即回拨机制。
基金管理的两种不同设立方式，决定了各自的优劣势：
一、成立基础和承担责任分析
公司制基金管理公司要遵循《公司法》，具有独立的法人主体资格，股东以其认缴的出资额为限，对公司承担责任。
合伙制基金管理公司要遵循《合伙企业法》关于企业合伙的相关规定，不具有独立的法人主体资格。有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成，普通合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任。按《合伙企业法》第三条规定，“国有独资公司、国有企业、上市公司以及公益性的事业单位、社会团体不得成为普通合伙人。”只能成为有限合伙人，在合伙企业中承担所出资有限责任。
二、从税收分析
自然人股东在公司制基金管理公司所得税方面存在双重征税的情况，一方面公司制基金管理公司作为法人主体，需要依法缴纳企业所得税；另一方面如自然人作为公司股东在分红后还要缴纳个人所得税。国有企业在投资公司制基金管理公司所得税方面不存在双重征税问题，收到基金管理公司在缴纳所得税后分配的净利润时，税务机关将根据双方执行的所得税率情况进行清算，如同为25%的所得税率，即不存在一分钱的重复征收。
合伙制基金管理公司在税收方面不存在双重税收的情况。合伙企业作为非法人机构，不需要缴纳企业所得税；仅仅是合伙人在进行利润分配后如为自然人需缴纳个人所得税，公司制合伙人将分红收入并入该企业收入计算缴纳企业所得税。
三、从设立和退出成本分析
公司制基金管理公司需要在工商行政管理部门进行登记注册，设立程序较为复杂。如果投资人希望结束投资，退出程序也较为复杂，所需时间也较长。
合伙制基金管理公司与公司制基金管理公司类似，也需要经过一定的设立程序。在投资人退出方面，合伙制基金管理公司相对较更为简便。
四、从激励机制分析
公司制的一个显著不足就是对基金管理公司经理的激励机制可能存在不足的情况。在公司制基金管理公司中，收入的多少和投资人的股权比例相匹配，而作为基金实际管理者的基金管理公司经理，可能由于持股比例较低或者公司业绩激励不足而导致收入较低。
有限合伙制相对于公司制的一个显著优点就是激励机制到位明晰。目前的市场惯例是：在出资比例方面，有限合伙人（LP）出资很高，普通合伙人（GP）出资很低；而在收益分配方面，有限合伙人能够获得收益的80%，普通合伙人能够获得收益的20%；在责任承担方面，有限合伙人以出资额为限对企业债务承担有限责任，而普通合伙人承担无限责任。这种组织方式较好地保证了对普通合伙人的激励。
综上，公司制和有限合伙制基金管理公司这两种形式各有千秋：有限合伙的优势突出在激励和运作机制灵活自由，避免对个人股东双重征税，是个人投资者的较好选择；公司制的优势突出在按法人治理结构运作，股东出资多则对公司控制力强。国有投资人如选择有限合伙制的设立形式，因法律规定国有投资人不能出任GP，对合伙企业没有控制力，那么，国有投资人对GP的选择就非常关键，一般应采用公开比选的方式，并通过律师事务所等中介机构，对GP的实力、能力和诚信等各方面进行资信调查等方式，防范投资风险。