探讨小鼠蛛网膜下腔出血(SAH)后早期大脑皮层长链非编码RNA(lncRNAs)及mRNAs的差异表达情况,寻求调控SAH后早期脑损伤(EBI)的新机制。
方法6只C57BL/6J雄性基因野生型小鼠按随机数字表法分为假手术组及SAH组(n=3),后者采用颈动脉内穿刺法构建SAH模型。造模后24 h断头取脑,提取皮层总RNA。经质量检测合格后,行PCR扩增建立cRNA文库,采用Illumina HiSeqTM 2500测序。运用软件Tophat2将转录本比对至小鼠基因组,运用RPKM法分别计算lncRNAs及mRNAs的表达量。通过数据库KEGG、GO富集对有差异表达的mRNAs进行通路分析,得到mRNAs参与的生物学途径。运用实时定量荧光PCR(qRT-PCR)技术对部分有差异表达的lncRNAs(fantom3_C730003K16、fantom3_I830129C17、fantom3_A430024L20、fantom3_C3 30006P03)进行验证。
结果成功得到假手术组及SAH组小鼠大脑皮层lncRNAs及mRNAs的表达谱。3对样本中均有差异表达的lncRNAs共617种,其中103种上调、514种下调。3对样本中均有差异表达的mRNAs共444种,其中387种上调、54种下调。GO富集及KEGG通路分析提示,有差异表达的mRNAs涉及到包括炎症在内的多种生物学途径。随机选取的4条lncRNAs的变化趋势(fantom3_C730003K16、fantom3_I830129C17表达上调,fantom3_A430024L20、fantom3_C33000 6P03表达下调)经qRT-PCR技术得到验证。
结论小鼠SAH后大脑皮层lncRNAs较正常脑组织存在明显差异,lncRNAs也许可以成为SAH后EBI病情及预后的判断标志以及潜在的治疗靶点。