1718年初，拉藏汗向康熙帝报告准噶尔部进扰西藏，请求朝廷发兵援助。3月，清军由青海进兵西藏，中埋伏而全军覆没。1720年，康熙再次派兵入藏，吸取第一次失败的教训，清军周密部署，彻底驱逐了准噶尔势力。1721年，清廷决定加强西藏防务，在西藏驻兵3000人，同时废除西藏地方政权中总揽大权的“第巴”职位。1750年，藏王珠尔默特叛乱，清廷平叛后废除藏王制，在西藏设立噶厦(地方政府，藏音译名称)，设噶伦(官称)4人，管理地方行政。1751年，清廷拟定《西藏善后章程》，对西藏政治、军事、经济进行重大改革。明确规定驻藏大臣督办藏内事务，地位与达赖、班禅平等；噶伦听命于驻藏大臣和达赖；清军常年在西藏驻兵1500人；铸造统一货币，禁止外币流通；限制租税的预征和乌拉的摊派，等等。这些改革全面加强了清朝对西藏的统治，改善了西藏的政治经济状况，巩固了西南边防。
　　1792年，乾隆帝为强化对西藏的管理，提出以金奔巴瓶抽签的方式确定达赖、班禅等大活佛的灵童转世。11月正式颁行。遇有灵童出世，将灵童的出生年月日和姓名各写一签，放入瓶内，焚香诵经7天，由驻藏大臣会同大喇嘛在众人面前抽签决定。此后，达赖、班禅和青海、蒙古的活佛都要经过这样的程序认定。实际择定神童的权力归属清廷，这对加强中央对蒙藏地区的管辖起了重大作用。