【摘 要】
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[目的]利用比较基因组学方法,对药用模式真菌灵芝的基因组中的小G蛋白基因家族成员进行系统的预测分析和比较.[方法]利用真菌物种中已经报道的小G蛋白,对灵芝全基因组进行BLA
【机 构】
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南京农业大学生命科学学院/农业部农业环境微生物重点实验室,江苏 南京,210095
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[目的]利用比较基因组学方法,对药用模式真菌灵芝的基因组中的小G蛋白基因家族成员进行系统的预测分析和比较.[方法]利用真菌物种中已经报道的小G蛋白,对灵芝全基因组进行BLAST分析,筛选出所有灵芝的小G蛋白基因,并分析这些同源小G蛋白的基本特性.通过小C蛋白家族的进化树分析和功能域分析,解析灵芝小C蛋白家族成员的进化关系.设计每一个小G蛋白同源基因的特异性引物,通过实时荧光定量PCR检测小G蛋白同源基因的表达.[结果]在灵芝中发现了29个小G蛋白家族基因,其中Ras亚家族4个,Rho亚家族4个,Rab亚家族12个,Arf亚家族7个,Ran亚家族1个,还有1个线粒体小G蛋白.菌丝体中有28个小G蛋白基因表达.[结论]根据真菌中已知的小G蛋白系统性地分析了灵芝的小G蛋白家族成员,进行灵芝小G蛋白的特性分析和基因实时荧光定量PCR检测,为下一步研究灵芝小G蛋白家族成员的功能奠定基础.
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