黄连素，通用名为小蘖碱，是从我国应用很久的中药黄连、黄柏或三颗针中提取的一种生物碱。现在已经可以人工合成，常用其盐酸盐，属于化学药物(西药)范畴。对多种细菌如痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌、伤寒杆菌及白喉杆菌等都有抑制作用，其中对痢疾杆菌作用最强，常用来治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病。每次口服0.1～0.5克，每日3次。
　　复方黄连素是取盐酸小蘖碱30克，木香116克，吴茱萸40克，白芍162克(以上为1000片药物的剂量)，按中药提取方法制作的中成药。功能清热燥湿，行气，止痛，止痢止泻。用于大肠湿热，赤白下利，里急后重或暴注下泻，肛门灼热。口服，一次3～4片，一日2～3次，临床用于治疗细菌性痢疾和急、慢性肠炎。
　　用中药学解释，黄连素性凉。能清除邪热或虚热，清除有害毒物，自古以来就是中医手中的一味清热解毒良药。2003年，国家药监局曾公布了一批停用的药品，其中包括复方黄连素片和复方黄连素注射液，有媒体误报道黄连素已停用，引起了很大的误会。其实，停用的是按照地方标准生产的复方黄连素，原因是“质量不可控”。而按照国家标准生产的黄连素和复方黄连素至今仍在临床上发挥着重要的作用。它们的作用基本相同，但按其成分和制作工艺不同，黄连素收录于国家基本药品目录西药部分消化系统用药中，复方黄连素收录于国家基本药品目录中成药部分清热剂中。
　　虽然黄连素是良药，但不可乱用。首先，对于全身性感染疾病，不适宜选择黄连素，因为它口服吸收极差，几乎停留在胃肠道，不易透过胃肠道进入血液，所以只适合胃肠消化道炎症性疾病。其次，腹泻的原因很多，总体可分感染性腹泻，多呈急性腹泻；非感染性腹泻，多呈慢性腹泻。黄连素只适用于感染性腹泻。胃肠感染表现可轻可重，轻者仅腹痛、腹泻，重者会有恶心、呕吐、发热寒战、食欲不振，严重时导致脱水、酸中毒、休克。一般而言，对轻型炎症可以选用黄连素，对于重型则必须合用抗感染作用强的抗生素。
　　慢性非感染性腹泻的病因复杂，肠易激综合征、溃疡性结肠炎、营养不良、内分泌疾病、肝硬化、尿毒症、过敏性疾病、癌症等，都可能导致慢性腹泻。对非感染性的腹泻、腹痛，黄连素是毫无作用的。像常见的过敏性荨麻疹胃肠型，如果不采取抗过敏综合治疗，仅用黄连素是控制不了腹泻的。而肠易激综合征患者，在吃2～3片黄连素后，腹痛、腹泻常常会消失，但这并非黄连素的功劳。因为肠易激综合征是可自行缓解的疾病，但又是反复发病难以根治的病症，其腹泻症状的消失，与吃黄连索无关。
　　在日常生活中，有人为了避免腹泻，在外出吃饭、游旅时提前吃上几片黄连素，这样黄连素只停留在肠道内不被吸收，故不良反应很小。当然，“是药三分毒”，口服黄连素后也可能会产生恶心、呕吐、皮疹和药物热等不良反应。而且由于黄连素具有一定的固涩止泻作用，有的人在服用黄连素之后腹泻可能是止住了，但继之又发生了便秘。另外，经常服用黄连素易产生耐药性，不仅不能消除腹泻、腹痛，甚至还会加剧腹泻、腹痛，以及其他一些想避免却又忽视了的不良反应，因此，黄连素虽好，还是应当慎用。
　　临床应用表明，小蘖碱用于治疗高血脂患者疗效良好，还适用于肝功能障碍的病人，安全性好。这项研究结果已被欧美多个研究单位和医院证实，并受到国内外病人的好评，使黄连素成为很有前景的降血脂药物。现代药理学研究证实，黄连素还具有显著的抗心力衰竭、抗心律失常、降低胆固醇、抑制血管平滑肌增殖、改善胰岛素抵抗、抗血小板、抗炎等作用，因而在心血管系统和神经系统疾病方面也有广泛的应用前景，日益受到重视。目前，科学家们正在对小蘖碱进一步研制优化物，探索在该领域理论与应用上的突破。