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目的 对2010-2011年北京市西城区(南区)手足口病患者进行肠道病毒病原体检测,分析肠道病毒病原学特征,为手足口病防控提供科学依据.方法 采集医疗机构临床诊断为手足口病患者咽拭子和粪便标本共418份,应用Real time-PCR检测咽拭子标本病毒核酸；并对粪便标本进行病毒分离.结果 418份标本中,肠道病毒总体检出率为53.59％(224/418).2010年咽拭子标本未分型肠道病毒阳性检出率(36.26％)高于2011年(16.89％),结果差别有统计学意义(x2=13.80,P ＜0.005)；2011年咽拭子标本CoxA16型病毒阳性检出率(26.03％)高于2010年(10.99％),差别有统计学意义(x2=8.58,P＜0.005).分别比较两年采集的咽拭子标本,发病3天内和3天以上采集的标本检出率差异均有统计学意义(2010年:x2 =5.85,P＜0.05；2011年:x2=15.26,P＜0.005).结论 引起北京市西城区(南区)手足口病流行的主要肠道病原体,2010年为未分型肠道病毒,2011年为CoxA16.在发病3天内采集患者咽拭子标本,有助于提高病毒检出率。