目的 构建基于高通量测序数据的人兽共患病病原微生物快速分析平台,实现人兽共患病病原微生物的快速分析. 方法 收集整理与重要人兽共患病相关的病原以及宿主的参考基因组数据库,集成并优化用于病原微生物检测分析的RINS算法,开发自动化处理流程和Web可视化界面,利用Docker容器技术对集成分析平台进行封装. 结果 在Linux服务器上使用鸽子宏基因组测序数据对分析平台进行验证,根据分析结果,发现除了有鸽子基因序列外,16.1％的序列注释到了细菌,2.2％注释到了病毒,32.9％的序列注释到了真菌,剩下48.8％为未知序列,对样本中细菌的携带信息进行统计,比对到巴氏杆菌、大肠埃希菌、沙门氏菌的序列数量较多,此结果与数据来源单位中鸽子相关的流行病学研究一致. 结论 本研究成功构建基于NGS的病原微生物检测分析平台,封装好的容器可以在云端快速部署和迁移;对已集成的RINS算法中Blat比对环节进行了优化,提高了数据分析处理速度;利用鸽子宏基因组测序数据对建成的分析平台进行验证,该平台具备人兽共患病病原微生物快速分析的能力.基于NGS的病原微生物检测方法为人兽共患病的防控和监测增添了新的解决方案.