一个国家研发经费投入占国内生产总值（GDP）的比重又称研发强度，是衡量该国科技创新程度的重要指标。2012年，中国的研发强度首次历史性地超过欧盟：经济合作与发展组织公布的最新报告显示，2012年中国的研发强度达到1.98%，而欧盟为1.96%。勿庸置疑，这是令人印象深刻且具有里程碑意义的成就。
　　中国研发经费投入的绝对规模值得肯定——2012年的研发强度为启动“科教兴国”战略时的1995年的三倍多。但是，中国面临的巨大挑战是，如何将研发投入的回报最大化。
　　目前，中国的研发经费主要用于发展研究，而只有较少部分用于科学研究。即在研发经费快速增长的同时，应用研究和基础研究（合称“科学研究”）的经费依然徘徊在较低水平。
　　2004年，中国用于基础研究和应用研究的经费分别占全社会研发经费的6%和20.4%。值得关注的是，2006年国家提出“自主创新”战略后，用于科学研究的经费比例却显著下降。2012年，中国的基础研究和应用研究经费比例分别占全社会研发经费的4.8%和11.3%，两者之和才16.1%，远低于发达国家甚至新兴工业化国家35%的平均水平。
　　另一个问题是，研发经费的分配和使用存在着严重的扭曲。绝大部分科学研究经费来自国家财政拨款，这无可厚非。但只有很少部分的财政研发经费是通过公开竞争的方式进行分配的，大约70%左右的科研经费分配由少数政府项目管理人员和科学家小群体决定。
　　势必使得研发经费倾向于资助已功成名就或与资助者关系紧密的科学家，并倾向于资助规避风险或重复研究的项目。相当一部分经费用于从国外进口科研设备和试验材料，而不是一线科研人员的工资。学术评价的标准是发表论文的数量和获得经费资助的额度，这意味着学术晋升并不纯粹地以学术价值业绩为基础。
　　相当大比例的在国内消耗的科研经费，甚至以国家重点项目形式实施的科研经费，只是国外相关研究的衍生品。这至少在一定程度上解释了中国快速增长的研发经费投入为什么没有产生与之相匹配的科研成果。
　　研发经费滥用和学术不端案例同样令人关注。这不仅耗尽了公共财政拨款，而且削弱了科研人员的士气。例如，2006年，上海交通大学的陈进从政府部门申请获得了高达上亿元的科研经费用于芯片研究。后来发现，他却用买来的芯片假扮自己的创新。去年，中国科学院的段振豪因挪用146万元科研经费而被判刑13年。最近，广东省科技厅包括厅长、副厅长在内的五十几位科技官员牵涉科研经费腐败窝案。
　　中国科协的一项调查显示，60%的科研项目经费预算被浪费掉，只有40%的钱被用在了科研上。所以，虽然科学产出（例如期刊论文）大幅增加，但并没有出现与之匹配的真正世界级和值得获诺贝尔奖的成果。
　　就统计意义而言，中国境内的企业（包括外商投资企业）已成为研发经费的主要贡献者，企业来源的经费约占全社会科研经费总额的四分之三。这让中国在企业研发经费比例上可与经济合作与发展组织国家比肩。然而，尽管中国政府提出建立“以企业为主体的国家创新体系”的目标，但中国企业仍然不得不从国外获取技术。
　　这里我们必须理解在中国情境下“企业”的内涵。在科技体制改革的驱动下，原来的应用型研究机构和部分国家部委例如航空航天部，现在成了国有企业。这样，原来这些研究机构和国家部委依靠财政科技拨款支持，现在它们被统计成了“企业”。而实际上，相当一部分这样的企业只是名义上的企业。
　　换句话说，国有企业的研发经费也包含在“企业研发经费”的统计中，而且是主要贡献者，但它们并不是真正意义上的私立部门。根据国资委的报告，2011年，仅央企就花了2747.2亿元人民币用于研发，占全部企业研发经费的43%，这还不算其他国有企业的研发经费。
　　国有企业占用了大部分的研发经费和其他资源，却缺乏创新的动力，因为它们中的大多数可以依托垄断地位保持高额利润。民营企业特别是中小企业一直尝试通过研发活动驱动创新，但却要为从国有银行获得金融支持而挣扎，这很大程度上阻碍了它们获得国内和国际竞争优势能力的发挥。
　　所以，中国在研发经费强度上超过欧盟，仅仅意味着中国与欧盟相比将GDP的更大比例用于研发活动，并不意味着中国在研发表现和效率上超过了欧洲，更不用说创新了。