水生丝孢菌是淡水真菌的主要类群之一，广义的水生丝孢菌是指整个生活史或生活史的部分阶段依赖水环境的丝孢菌类，分类学上属于子囊菌和担子菌的无性型，包括只分布在水生环境中的真菌;既分布在水生环境中又分布在陆生环境的真菌;以及在淡水和海洋中均有分布的真菌。水生丝孢菌的研究已有60年的历史，就中国来说，水生丝孢菌的研究还只是起步阶段，我们对淡水真菌的许多方面了解很少，大量的资源亟待我们去研究和发现。水生丝孢菌在生态系统的物质循环中起着重要的作用，此外也具有解决水污染，重金属污染等环境问题的潜在价值。因此，研究水生丝孢菌具有重要意义。　　 本文调查了云南省以及海南省部分地区的水生丝孢菌。2010年7月—2011年4月期间在云南省大理州宝台山自然保护区、西双版纳热带植物园、西双版纳曼点自然保护区、临沧市梅花山、瑞丽植物园，2011年6月在海南省尖峰岭自然保护区，五指山自然保护区，对水中长期浸没的腐叶进行采集，共检查标本约300余份，采用直接挑菌法得到淡水真菌300多株，分别对其进行了纯化和鉴定，包括30多个属。文中详细介绍26个属，包括32个种:4个新种（两个已发表），10个中国新纪录属，9个中国新纪录种，19个中国已报道种。　　 新种:Sympodioplanusyunnanensis,Uncispora sinensis, Dicranidian sp.,Setosynnema sp.　　 中国新纪录属:Acumispora，Dendrosporium，Henicospora，Isthmolongispora,Phalangispora,Setosynnema,Staphylotrichum,Sympodioplanus,Uncispora,Verticicladus.　　 中国新纪录种:Acumispora uniseptata，Dendrosporium lobatum，Dendrosporium candelabroides,Henicospora coronata,Isthmolongisporaquadricellularia,Phalangispora constricta,Setosynnema isthmosporum,Staphylotrichum subramanianii,Verticicladus subiculife　　 对Acumispora,Dendrosporium,Dicranidion,Dictyochaeta,Helminthosporium,Wiesneriomyces属进行ITS序列的测定，并结合Genbank中下载到的相关ITS序列构建系统发育树，初步确定这些属在子囊菌中的系统发育位置。