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本研究于对长江口及其临近水域进行了6个航次的调查，通过对浮游植物样品的种类鉴定分析，研究了该海区浮游植物种类的多样性、群落的组成结构和动态、优势种的演替，为东海赤潮高发区浮游植物分析和赤潮监测提供基础数据和科学依据。 通过对6个航次的样品进行观察，共鉴定浮游植物163种，隶属于6门82个属，其中硅藻100种，54属，60.3％，甲藻49种，19属，30.1％，绿藻7种，3属，4.3％，金藻3种，2属，1.8％，蓝藻3种，3属，1.8％，裸藻1种，1属，0.6％。各航次所鉴定的浮游植物的种类数依次为83种、105种、52种、93种、108种、92种，MC2010-3航次种类少的原因是采样站位少和采样时间短。 6个航次的平均浮游植物丰度变化幅度较大，MC2010-2航次(2010年5月份)浮游植物丰度为最高值，为471.21×104cell/L。浮游植物各层平面分布高值区大部分出现在附近杭州湾及舟山渔场以东海域。6个航次的平均值来看表层和中层互有高低，底层均是最低的。 MC2010-1航次浮游植物的动态变化表现于第一航次到第二航次整体丰度下降了一个数量级，MC2010-2航次za断面第一航次表、中、底各层丰度相差不大，第二航次表、中、底各层丰度为表层高于中层，中层高于底层。MC2011-1航次浮游植物的动态变化表现于第一航次到第二航次高值区向外海方向移动，丰度基本上变化不大，为106cell/L，从第二航次到第三航次主要变化是浮游植物丰度的下降，为105cell/L；MC2011-2航次浮游植物的动态变化表现于第一航次到第二航次高值区面积减少，但丰度有所增加，达106cell/L，从第二航次到第三航次主要变化是浮游植物丰度继续有所增加，但属于同一数量级，并且高值区面积有所增加，有向沿岸移动的趋势。 主要优势种组成为骨条藻、角毛藻、海链藻、拟菱形藻、具槽直链藻、东海原甲藻。春季(4～5月)是赤潮的高发时期，期间呈现出先硅藻再甲藻的变化规律，7月份全为硅藻优势种，而10月份的优势种呈现出硅藻和甲藻同时存在的现象。在2011年5月25日～5月27日期间，在za、zb、zc三个断面优势种为东海原甲藻、骨条藻、拟菱形藻。东海原甲藻和骨条藻密度基本上均在105cell/L以上，而高密度拟菱形藻在各断面只有一两个站位密度达到105cell/L以上。