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本研究采用PCR-SSCP和DNA测序技术,检测了北京鸭和樱桃谷鸭4个群体共400个个体与脂肪性状相关基因(A-FABP基因)、北京鸭2个群体共238个个体与繁殖性状相关基因(PRLR基因)的遗传变异,分析了其遗传结构和遗传多样性,并对北京鸭和樱桃谷鸭4个群体在上述基因位点的多态性与其相关生产性状进行了关联分析,以期发现对重要经济性状具有显著效应的遗传标记,为中国地方鸭的高效选育和分子标记数据库的建立、种质资源保存与利用提供遗传学依据。本研究取得了以下结果:1肉鸭A-FABP基因多态性及其与屠体性状的关联分析(1)进行A-FABP基因SNPs分析发现,所检测的A1位点未发现多态,A2位点发现6个SNPs(EU306610和EU306611:g. 106A>T、108T>C、123T>C、164C>T、215C>A和231T>C),均位于内含子2上。(2)群体遗传学分析结果表明,群体基因型频率和基因频率有差异。四个群体A等位基因频率均高于B等位基因频率,并且在Z4和Z2中达到显著水平。(3)适合性χ2检验结果表明,北京鸭Z4、Z4×Z2杂交和樱桃谷鸭群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而北京鸭Z2群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P<0.05),四个群体平均杂合度为0.42,平均多态信息含量为0.33,均为中度多态(0.25<PIC<0.5)。(4)最小二乘法分析SNPs与屠体性状的关联性结果表明,群体屠体性状差异极显著,Z4系屠体重、全净膛重、肌内脂肪含量显著高于其它品系,而樱桃谷鸭胸肌率、腿肌率显著高于其它品系,皮脂率、腹脂率显著低于其它群体。各群体内不同基因型与屠体性状的关系均未达到显著水平。2北京鸭PRLR基因多态性及其与产蛋性状的关联分析(1)研究北京鸭的PRLR基因的遗传多态性,经PCR-SSCP检测,在第9内含子区域未发现多态,第10外显子发现8个单核苷酸突变位点。表明在北京鸭2个品系中,该座位有7种基因型。(2)最小二乘法分析突变与产蛋性状的关联性表明,北京鸭Z2系突变型F型个体产蛋量(率)高于B型;而北京鸭W2系不同基因型各项指标差异均不显著。