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蒙古扁桃隶属蔷薇科李亚科李属,是多年生强旱生小灌木。蒙古扁桃是蒙古高原上的古老残遗种,主要生长在荒漠及荒漠草原区的低山丘陵地、石质坡地及干河床等生境条件较为严酷的地区,旱生结构和形态学特点明显,小枝顶端具硬刺。目前学术界对蒙古扁桃属于桃属、李属或是扁桃属的问题仍存在争论。蒙古扁桃一般不能形成大的荒漠群落,只能分布在山地及沟谷,形成局部片段群落,这种片段化分布极有可能会对蒙古扁桃的遗传多样性及其进化潜能造成影响。本文以ISSR分子标记方法,对分布在内蒙古自治区不同地区的6个蒙古扁桃自然种群的遗传多样性进行了分析,探讨其遗传多样性水平和遗传结构,以阐明蒙古扁桃作为一种古老残遗物种对干旱贫瘠环境的适应机制及其进化潜力,为有效保护蒙古扁桃的遗传资源提供依据。同时采用基因测序的方法,分别对蒙古扁桃的核基因ITS和叶绿体基因trnL-F进行了测序,与GenBank中的己知的李属、桃属的若干种植物的ITS和trnL-F基因序列进行比对,构建分子系统树,从而为探讨蒙古扁桃的属级分类地位提供分子生物学依据。主要结果如下：1.从74条UBC ISSR引物中筛选出12条能够扩增出清晰条带且重复性强的ISSR引物。选用引物序列显示,除引物UBC842外,其它引物均具有AG或GA碱基重复。2.12条引物在60个个体中共检测出200条扩增片段,其中多态性条带为199条,多态性条带百分率为99.5%,扩增片段大小在200—-2000bp之间。6个种群内的遗传多样性比率范围为43%67%,其中包头萨拉齐种群的遗传多样性比率最大为67%。3.不同种群的Nei’s多样性指数H经方差分析显示差异不显著(F=0.861,P>0.05),说明不同地区蒙古扁桃种群的遗传多样性水平差异不大。不同种群间的Nei’s多样性指数和Shannon’s信息指数表现出相同的变化趋势,即BS>HY>WQ>DN>AB>HW,但Shannon’s信息指数的估计值要高于Nei’s基因多样性指数。4.蒙古扁桃总的基因多样性(Ht)为0.3241,种群内的基因多样性(Hs)为0.2019。基因分化系数(Gst)为0.3769,即种群间遗传变异占总的遗传变异的37.69%,说明蒙古扁桃的遗传变异主要来自于种群内。由基因分化系数得出蒙古扁桃种群间的基因流(Nm)为0.8266,Nm<1,表明种群间基因交流较低。5.在系统发育的研究中,利用核糖体ITS序列和叶绿体trnL-F序列通过邻接法(NJ)和最大拟然法(ML)构建的分子系统树结果显示,蒙古扁桃与桃属植物亲缘关系较李属植物近。