论文部分内容阅读
本文采用悬滴气相扩散法对幽门螺旋杆菌肽脱甲酰化酶(HpPDF)的晶体生长进行了探索并成功得到了可供衍射的单晶，晶体最适的生长条件为：70％MPD，0.1MpH8.0Hepes，20％Dioxane为添加剂。晶体最大尺寸达0.4mm×0.1mm×0.1mm，在此基础上，采用浸泡法得到了HpPDF与两个新颖抑制剂(天然产物Y13及Y13经结构改造后得到的Y12)的复合物晶体。
本文构解析采用分子置换法进行，程序采用CNS。模型分子为绿脓杆菌肽脱甲酰化酶与抑制剂Actinonin的1.85A分辨率复合物(PDB号：1IX1)。三个结构都在2.2A分辨率范围完成了精修。通过对这些结构进行分析，我们发现，HpPDF在结构上与已报道的其它种属的PDF结构基本相似，这说明金属离子螯合基团并不是活性必需基团。此外，结构比较还发现，Y12抑制活性高于Y13(Y13的IC50为：10.8μM，Y12的IC50为1.25μM)的主要原因是由于Y12化合物与S1′亚口袋匹配更好。
本文根据Y12化合物与HpPDF复合物晶体结构，应用虚拟筛选技术对SPECS数据库进行了筛选，并选择了47个化合物进行酶活测试，结果表明其中P27号化合物有一定的抑制活性。