随着我国《农民专业合作社财务会计制度（试行）》在2008年1月1日的实施，进一步规范了农民专业合作社财务会计活动，促进了合作社的健康发展。但农民专业合作社在财务管理和会计核算方面仍然存在很多问题，完善农民专业合作社财务会计制度，对农民专业合作社的可持续发展具有重要的作用。基于此，本文首先提出了相关的研究理论；其次，结合农民专业合作社财务会计制度的发展和2008年1月1日实施的《农民专业合作社财务会计制度（试行）》，分析了农民专业合作社新财务会计制度的特征、农民专业合作社会财务计制度存在的不足以及在实施过程中存在的问题，并得出结论和相应的对策建议。本文共由六章组成：第一章为绪论。主要介绍论文的研究背景、研究意义、国内外研究动态、研究方法和论文结构，以及论文可能的创新与不足之处。第二章为相关概念的界定及理论基础。主要介绍了农民专业合作社、财务会计制度概念，以及一些相关的理论基础。第三章为农民专业合作社财务会计制度的发展和新会计制度的特征。介绍了农民专业合作社财务会计制度的发展，总结了农民专业合作社新会计制度的一些特点。第四章农民专业合作社财务会计制度以及在实施过程中存在的问题。阐述了农民专业合作社新会计制度在盈余公积提取方面、财政直接补助核算方面及在增减会计科目方面存在的问题；在实施过程中，由于管理人员财经法规意识薄弱、内部控制形同虚设、资产管理混乱以及筹资渠道狭窄、对涉税管理未引起重视的问题，使得农民专业合作社新会计制度未能很好的实施。第五章是完善农民专业合作社财务会计制度的对策。针对农民专业合作社新会计制度存在的不足提出应建立完善的盈余分配制度；减少会计核算体系的弹性，加强扶持基金的管理，开展资金互助；增加必要的会计科目。对于农民专业合作社会计制度在实施过程中存在的问题，建议加强宣传，增强财务管理意识，加强财会队伍的培训，加大政府支持力度，扩大筹资渠道，抓财务管理建设，夯实涉税管理基础。第六章是结论与展望。对完善农民专业合作社会计制度的对策进行总结，并分析了本文的研究局限并对未来研究的展望。