本文主要是用RAPD标记来研究黄连属中药用价值较大的四个物种之间的亲缘关系，并对黄连的六个居群进行了遗传多样性分析。研究结果如下： 对4种黄连属植物的RAPB分析，我们得到21个引物的144条带，其中94条带有多态性，多态性比例65.3％，黄连属物种间的相似性系数分布范围为0.447-0.686之间，说明各物种有一定的遗传多样性。其中黄连和三角叶黄连亲缘关系略近，峨眉黄连和云南黄连略近，这四种药用黄连植物是分为两支的。各黄连物种和外属种毛莨相似性系数相对较低。 对黄连6个居群的分析我们可以得到18条引物的RAPD图谱，有122条带，72条具有多态性。由遗传分析树显示，巫山黄连的居群和其余黄连的居群有较大的遗传距离，由此我们可以把黄连的居群分为两组：一组就是巫山黄连，我们推测它在进化地位上相对原始，通常我们称为北岸连，另一组就是其他的居群，也就是所谓的南岸连，这组黄连在不同的地域，由于自然和人为的影响，彼此独立发展，相互也具有了一定的遗传多态性，但是这种多态性是种内的变异，两组黄连居群依然属于一个物种：黄连C.chinensisFranch。