多年来的形态学、染色体组学以及DNA序列几个方面的研究均没有很好的阐明黑腹果蝇种组的系统发育关系.本文以线粒体(mtDNA)的ND4,ND4L,细胞色素b三个蛋白质编码基因为分子遗传标记,对该种组的分类和分化关系进行了更为全面、细致的研究.通过测序获得了三个基因的一级结构,首先分析了它们的进化特征:①mtDNA的进化速率高于大部分核基因的进化速率,而且还受物种分歧时间的影响.②上述三个基因,在近源物种之间有明显的转换倾向,即转换数明显高于颠换数;而远源物种之间因为转换的迅速饱和,导致颠换数超过转换数.相对于转换信息,远源物种间的颠换信息更能准确地反映它们的进化历史.③每个基因的同义替换率都明显高于异义替换率,说明它们都受到了较高的净化选择压力.利用三个线粒体基因的联合数据,分别用MrBayes法、邻接法、最大似然法构建了进化树,几棵树的拓扑结构完全一致.黑腹果蝇种组分为三大谱系:1)ananassae种亚组;2)montium种亚组;3)melanogaster以及整个东方种亚组.这与形态学及染色体组学以及大部分的分子方面的资料结果一致.在第三谱系中,ficusphila与eugracilis形成一支,而suzukiitakahashii与melanogaster形成另一支.8个种亚组中,只有suzukii是多起源的,其余均为单系.在我们分析的suzukii种亚组5个代表种中,D.sp.chayu,D.lucipannis形态差异较大(无性梳)和D.elegans聚在一起,D.suzukii,D.pulchrella,D.biarmipes聚为另一支.