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农民专业合作社是一种有效解决分散生产，适应市场经济发展，集约化、规模化的组织形式。我国农民专业合作社在发展过程中取得了一些成效，但不明显。当前农民专业合作社在设立、运行过程中存在诸如社员权利虚置、资金短缺、内部治理机构“形式化”、盈余分配难落实等具体现实性问题。这些问题的成因有历史成因和制度成因两个方面。从历史成因上看，合作社的发展史及立法史合力形成了现今合作社发展过程中的“路径依赖”;从制度方面看，目前有关合作社成员资格、出资、内部治理、盈余分配等制度缺陷及其他相关配套制度不足也是问题多发的原因。构建农民专业合作社良性运行的保障机制，需要进一步明确界定成员资格，重新配置权利义务，以及完善资金投入机制和运行机制。