山东省HCV分离株NS5区核苷酸序列分析

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该研究用UBI HCV EIA4.0诊断试剂盒筛选山东省地区64例临床检验为HCV Ab阳性的血清标本,其中有54例阳性.随机取其中28例,应用RT-nested-PCR方法扩增319bp的HCV NS5区基因片段,结果12例出现特异性条带.随后将这12个NS5区片段直接进行TA克隆,并用Sanger法对克隆成功的10个NS5区基因片段进行序例测定.将所得到的10个序列与GeneBank中所有的HCV分离株进行同源性比较,结果表明:10个HCV分离株均属于HCV-1b型.该研究进一步证明了HCV-lb型是山东省地区主要的基因型.对获得的10个NS5区片段进行变异性分析发现:所有的核苷酸变化都是由于替代作用引起的,没有碱基的插入和缺失;大部分的突变都属于同义突变,占突变总数的74%.RNA-依赖性RNA聚合酶的G-D-D基元和所有的半胱氨酸都完全保守.有关HCV NS5区基因型和变异的研究结果将为开发可靠的HCV诊断诊剂盒及研制高效的疫苗提供重要的理论依据.
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