本研究利用阿须贝无氮培养基,从9种红树林植物根际土壤分离得到12种好氧自生固氮细菌,通过PCR扩增,获得全部菌株的16S rDNA序列以及9种菌株的nifH序列,根据这两种序列分别建立了系统发育树,比较显示,仅部分菌株在两种系统发育树中表现出相似的聚类结果,证明16S rRNA和nifH是两种进化速率不同的基因;并发现供试根际土壤可培养固氮细菌的优势类群分布于变形菌纲。进一步利用“PCR-克隆-测序”免培养法,从3种红树植物根际土壤克隆获得27种nifH序列,与有关文献公布的nifH序列一起建立了系统发育树。分析表明:在同一地域红树林生态系统的不同根际土壤样品中,固氮细菌的分布存在差异,在理化性质差异明显的土壤样品之间,这种差异更为显著;首次报道来自同一地域红树林生态系统中的nifH序列倾向于聚集在一起形成相对独立的簇。分析认为,红树林土壤固氮细菌的群落组成在大尺度间具有较强的独立性,其多样性和优势类群更依赖于具体的小尺度环境特性。