在经济全球化和区域一体化发展的趋势下，随着国家经济环境越来越开放，产业安全必然成为常态化、动态化的问题。农业产业安全问题不仅直接影响国家经济利益，也关系到国家政治独立和国民生死存亡，应得到充分重视。本文立足于农业产业安全的内涵、特点及其影响因素，基于产业关联的视角全面考虑了农业产业的种植、贸易、流通以及加工环节，本着系统性、相关性、可测性、可控性的原则，构建了农业产业安全评价指标体系，并选择玉米和棉花产业，通过主成分分析和模糊综合评价方法，结合定性与定量分析，得到了目标产业安全状况评价结果:我国玉米和棉花产业均处于基本安全状态;种植环节与流通环节安全状况有所改善;贸易环节指标安全状况恶化，对外依存度提高，国际竞争力下降;加工环节效益提高，控制力下降，对安全状况的影响有相互抵消的作用。在此基础上提出了相应政策建议。