农村金融改革在当前是一个十分重要的研究课题。如何改革农村金融体系，采取切实有效措施促进农村金融发展，促进金融对“三农”的支持，对于解决中国“三农”问题具有十分重要的意义。本文选取了欠发达地区合作金融产权制度创新这一主题，通过应用不完全契约理论对农村合作金融产权制度存在问题进行分析，提出以下建议：1.应进一步明晰历年积累资本金产权。创新点主要体现在：①对农村合作金融产权制度创新包括两个方面的内容，一是对现有合作金融产权进行改造；二是在广大农村地区建立纯合作金融组织。②研究发现了农村信用社在增资扩股过程中把不符合标准部分的股金统一归集到一个账户管理，提出了应对这一部分股金的产权进行明确；③强调了明晰产权的重要性，要对历史积累部分产权进行明确，把积累部分量化到老股金上。2.走股份合作制，引入战略投资者，通过大股东带动小股东职能的履行，让小股东“搭便车”。3.建立保护社员权益的制度，提出了对社员权益保护的制度设计。4.按照不完全契约理论中产权的关键权利是对剩余控制权和剩余索取权利的控制和现代企业理论有关理论，认为农村信用社产权制度创新要得以落实，必须对其法人治理结构进行周密的制度设计以保证产权的剩余控制权和剩余索取权的实现。本文还对农村合作金融法人治理结构进行了设计，对省联社职能定位进行了探讨。5.改革农村合作金融产权制度是一项复杂的系统工程，还必须从外部环境方面保证合作金融产权制度改革的顺利进行。必须从合作金融立法、政府扶持、合作金融思想宣传教育等方面着手，提出加强农村金融立法和对监管体制的改革。