1991年冷战结束，中亚国家在苏联解体后纷纷独立。日本的中亚政策也随着这些国家的独立而开始形成。在这一政策的形成和发展过程中，除了中亚国家外，上海合作组织这一重要的区域性组织也同样扮演着非常重要的角色。特别是在安全合作和经济合作方面，上合组织对日本中亚政策的调整和走向产生了深刻的影响。　　在安全合作方面，上合组织凭借在中亚地区显著的反恐合作效应和完善的合作机制为日本中亚利益的安全提供了保障，并且对阿富汗问题的解决起了十分关键的作用。日本为此开始积极参与上合组织框架下的安全合作计划，调整自卫队海外派兵政策，加强对中亚地区的反恐投入。在以能源合作为主的经济合作方面，上合组织为日本开展中亚能源政策提供了一个良好的环境，同时也伴随着竞争的加剧。日本选择加强经济援助力度，不断扩展中亚能源合作的范围和深度，在利用这一良好环境的同时，制衡上合组织特别是中俄两国对中亚能源的控制。　　从20世纪90年代日本中亚政策开始实施到机制成熟，日本政府提升了中亚地区在其外交政策中的地位，更加重视上合组织对其安全和经济方面的影响。尽管日本对上合组织仍然存在各种疑虑，但是毋庸置疑的是随着上合组织的日益发展壮大，日本只有本着积极合作的态度，采取适当的中亚政策，发展与上合组织及其成员国间的关系，才能更好的参与中亚事务，才能保证日本在中亚的长远发展。