中药材的质量（品质性状）与其所含活性成分的含量密切相关。红花（Flos Carthami）是传统的活血化瘀中药,红花中的查尔酮成分—羟基黄色素A是主要活性成分,其含量的高低,直接影响红花品质的优劣。因此,高羟基黄色素A含量是筛选红花优良品种的重要依据。 本研究采用HPLC法,对红花亲本及杂交F₂代植株的品质进行综合分析,结果表明,F₂代各植株含量呈连续性变异,红花品质性状为主多效基因控制的数量性状。采用分群分类策略（BSA）,以F₂代个体高、低羟基黄色素A含量的极端值为依据,构建了品质性状的两个近等基因池。在64对引物中筛选出条带多且清晰的适合红花AFLP的48对引物组合,并通过反复的基因池筛选出具有多态性的两条引物,分别为EcoRI-ACT-MseI-CAG、EcoRI-ACC-MseI-CTC。经过基因池、亲本及F₂代单株的共同验证,最终获得4条与红花高品质性状（高羟基黄色素A含量）紧密连锁的特异性DNA片断,分别命名为AFLP-5、AFLP-7、AFLP-15、AFLP-16,经测序,其精确长度分别为936bp、852bp、730bp和277bp。进一步,采用cDNA-AFLP方法,从表达水平探讨与红花羟基黄色素A高含量相关的基因片段,初步得到6条多态性标记。 本研究成果,为红花新品种的高效选育及药用植物品质的定向调控提供有效途径。