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柑桔是世界第一大水果，全球种植面积670万公顷，年产量1．1亿吨，年贸易额234亿美元，是仅次于小麦、玉米和大豆的第四大国际贸易农产品。我国是世界上柑桔栽培面积最大的国家，柑桔总产量1790万吨，居世界第二位，仅次于巴西，年经济产值455亿元。种苗是柑桔生产的源头，种苗质量直接影响到柑桔的产量、质量和种植效益，是柑桔产业可持续发展的关键影响因素之一。近30年来，国外培育出上百个柑桔新品种，我国通过引、选、育，也获得了数十个柑桔优良新品种。但是，目前我国柑桔种苗行业管理制度还不够完善，以劣充优，以假乱真现象时有发生，不仅损害了种植者的利益，也对柑桔产业的健康发展构成了极大的威胁。随着我国加入WTO和国际植物新品种保护联盟（UPOV），以及《植物新种保护条例》等有关育种者权利保护法规的颁布实施，涉及作物品种权争议和育种者权益的事例逐年增加，植物新品种保护问题更加突出。因此，建立一套快速准确的柑桔种苗纯度和真实性早期鉴定技术体系，对防止假冒伪劣种苗进入市场、切实维护果农利益、保护育种工作者的权益都显得日益重要。本研究通过PCR反应体系优化、引物筛选和标记筛选，建立了一套适合于柑桔DNA指纹图谱库构建的技术体系，利用该体系对126个柑桔品种（包括宽皮柑桔、甜橙、杂柑、柚类和柠檬）进行分析，构建了93个品种的DNA指纹图谱和标准指纹图谱库，为柑桔种苗纯度和真实性鉴定奠定了基础。主要结果如下：1适合于柑桔分析分子标记PCR反应体系的建立通过优化PCR反应体系各组成成分，建立了适合柑桔DNA指纹分析的4种分子标记PCR反应体系。分别为：SSR反应体系：25μL反应体系，DNA 50 ng，10×PCR Buffer 2．5μL，25mM Mg2+ 2．0μL，2．5mM dNTP2．0μL，Taq酶0．8 U，20 ng／μL引物各1μL。RAPD反应体系：25μL反应体系，DNA 50 ng，10×PCR Buffer 2．5μL，25mM Mg2+ 1．5μL，2．5mM dNTP 1．5μL，Taq酶1．0 U，20 ng／μL引物1μL。SRAP反应体系：25μL反应体系，DNA 50 ng，10×PCR Buffer 2．5μL，25mM Mg2+ 1．2μL，2．5mM dNTP 1．2μL，Taq酶1．0 U，20 ng／μL引物0．5μL。ISSR反应体系：25μL反应体系，DNA 50ng，10×PCR Buffer 2．5μL，25mM Mg2+ 1．6μL，2．5mM dNTP 2．0μL，Taq酶1．0 U，20 ng／μL引物1μL。2引物筛选从105对SSR引物、40条RAPD引物、20对SRAP引物和40条ISSR引物中获得在柑桔品种间多态性丰富、带型清晰、重复性好的SSR引物34对、RAPD引物6条、SRAP引物4对和ISSR引物3条，其中包括14对自行设计的SSR引物。多态性引物的比率分别占总引物数目的32．38％、15％、15％和7．5％；据此确定SSR标记为构建柑桔DNA指纹图谱库的基本方法，ISSR标记为其补充。3柑桔DNA指纹图谱分析SSR标记和ISSR标记对126份柑桔材料进行鉴定分析。SSR标记，可鉴定出7个宽皮柑桔品种、22个杂柑品种、14个柚类品种和23个柠檬品种；ISSR标记从SSR未能鉴别的品种中鉴定出5个温州蜜柑品种、4个椪柑品种和18个甜橙品种。两种标记共可鉴定出93个品种。4柑桔DNA指纹图谱库的构建利用多态性丰富且不存在连锁关系的12对SSR引物和2条ISSR引物作为核心引物（SSR引物SS2、SS15、SS16、SS17、SS18、Cssr015，Cssr036、Cssr037、Cssr038、Cssr050、Cssr051和Cssr052，ISSR引物IS09和IS22）进行指纹图谱分析，数据经曹永生等编写的Gel 2．0软件处理，构建了93个柑桔品种的标准指纹图谱库。5 DNA指纹图谱库验证分析经验证，本研究构建的标准DNA指纹图谱库具有很好的重复性。进行聚类和主成分分析结果与传统分类方法一致，表明本研究所构建的DNA指纹图谱库具有很好的准确性和可靠性。