传统委托代理理论以股权高度分散的美、英等国上市公司为主要研究对象,主要关注经理层与全体股东之间的利益冲突。然而,在许多新兴市场国家,大量证据同时表明,上市公司股权结构相当集中,存在着控股股东。由于股权集中在控股股东手中,控股股东有足够的权力控制上市公司,并通过影响上市公司的各种决策来为其谋取私利。这说明,上市公司全体股东的利益并非是均齐的,控股股东与中小股东之间也存在严重的代理问题。控股股东代理问题产生的基本条件是控制权与现金流量权的分离。控制权与现金流量权分离后,控制权通常大于现金流量权,控股股东可以以较小的成本达到控制公司重大决策的目的。控股股东将转移上市公司资源的收益独享,却将这种侵害公司的机会主义行为的成本外部化给所有股东承担。控股股东分离控制权和现金流量权主要有三种方式:金字塔结构、交叉持股结构和二元股份结构。控股股东的代理成本主要表现为投资决策、企业规模及控制权转移等方面的非效率性,最终造成企业价值的损失。我国上市公司的资本结构对股权代理成本有显著影响,大股东控股比例与净资产收益率、总资产收益率呈明显相关关系,特别是净资产收益率与大股东控股比例有明显U型相关关系,法人股的治理效率要明显好于国有股。我国国有上市公司的控股股东一般是政府或法人机构,而民营上市公司基本都控制在个人和家族手中。由于缺乏有效的制衡机制制约控股股东滥用权力,我国上市公司控股股东侵害中小股东利益的代理问题相当严重。上市公司控股股东侵害中小股东利益的主要方式具体表现为:股权资产置换和控股权转移;违规占用上市公司资金和资产;操纵股价等等。股权分置是我国中小股东利益不断受到控股股东侵害的制度基础。治理我国上市公司控股股东与中小股东之间的代理问题,更好地保护中小股东的利益,可以从以下方面入手:继续深化完成股权分置改革,改善上市公司股权结构;建立健全上市公司的法人治理结构和独立董事制度;完善保护中小股东的法律法规和“辨方举证”原则;完善上市公司信息披露制度;强化中介机构的作用并加强舆论监督等。