反垄断法适用除外制度是反垄断法的一项基本内容，而我国目前国内相关法律规定与WTO规则还存在着相当大的差距。由于缺乏相应的国内法律制度，不利于保护我国经济健康发展和国家经济安全。本文围绕WTO法律体系下我国反垄断法适用除外制度进行研究。本文指出反垄断法适用除外制度要符合有效竞争原则、公平与效益原则、立足社会公益原则、公众监督与部门审查相结合的原则。提出WTO规则下的国际竞争原则，包括国际统一大市场原则、竞争主体无差别原则、国家自我约束原则。针对反垄断法适用除外制度对象进行比较分析，提出自然垄断领域的适用除外、知识产权领域的适用除外、特殊卡特尔的适用除外、特定行业组织的适用除外等领域的立法依据。本文提出我国制定反垄断法适用除外制度的目标，提出建立适用除外制度的原则和立法形式，在此基础上分析了自然垄断、知识产权、金融等领域构建反垄断法适用除外制度的注意事项，提出关于在WTO法律体系下构建反垄断法适用除外制度要全面、明确规定的基本问题，如适用除外制度的对象、条件和审批程序、主管机关的法定权限范围、违法制裁措施和程序等，并加强WTO框架内反垄断法国际合作。