新型农村合作医疗制度作为事关农村经济、社会发展进程的一项重要保障制度，对于促进农村医疗卫生事业发展，促进经济社会持续、稳定与协调发展具有十分重要的意义。本文针对非均衡发展条件下新疆新型农牧区合作医疗的筹资与补偿问题进行探讨，开展入户调查，分析评价新农合运行现状、特点及发展趋势，科学、客观地评价其实施效率与效果，提出影响新农合基金筹集、管理、支付和运行等关键环节的主要因素，通过设计合理的筹资和补偿模式，提出相应的政策建议，可以为新疆新农合的运行和管理提供决策依据，对于降低农牧民医疗负担、提高新疆农牧区医疗卫生环境与质量、完善新疆新农合运行管理机制、保障新疆新农合制度可持续发展等具有重要的现实意义。　　本文从内涵、总体框架、主要特点等方面对新型农村合作医疗的相关概念与内容进行阐述，从制度建设的必要性与可行性、筹资与补偿机制设计、实施效果评价等角度对已有研究进行了回顾与总结，同时分析了新型农村合作医疗的相关理论，包括公共产品理论、医疗服务需求与供给理论、社会保障理论以及医疗保险理论，并在此基础上提出了本文的研究思路与研究内容。基于对相关概念与理论的阐述，本文运用国际比较研究分析了不同国家农村医疗保障制度，如英国、美国、德国、新加坡等国家医疗保障制度的优缺点，并结合我国新农合制度的发展历程与运行现状，提出国外农村医疗保障制度对我国新农合制度设计与实施的启示，如构建医疗保障制度时绝对不能忽视基本国情、在建立医疗保险制度时必须充分考虑居民平均寿命的逐渐增加和未来社会的老龄化问题、不宜过早免除或者过度减轻家庭或个人对疾病应当承担的责任等。　　本文基于新疆新农合运行数据的整理，运用数理统计方法分析了新疆新农合的发展现状，总结出新疆新农合非均衡发展的特征，并与东、中、西部其他省份以及西部少数民族地区的运行状况进行对比分析，运用DEA、投影分析等方法对新疆新农合的宏观运行效率进行评价，所得结论包括:从横向比较上看，新疆新农合的运行效率在东疆、北疆与南疆地区呈现出比较明显的非均衡现象;从时间的纵向比较上看，近年来新疆新农合运行效率呈现出下降趋势;吐鲁番、伊犁、塔城、阿勒泰、阿克苏、喀什以及和田7个地州的新农合投入要素组合合理，达到了较为合适的规模状态;哈密、乌鲁木齐、博州、克州、昌吉州与巴州6个地州市的新农合运行效率没有达到最佳等。　　基于新疆新农合发展现状与效率特征，本文通过设计新农合满意度调查问卷，对参合农民对于新农合实施的整体满意度、对新农合医疗服务提供、保障范围、补偿设置的满意度等进行分析，得到的结论包括:参合人员对新农合政策的认可度较高;在就医方便程度、自付住院费用、自付门诊费用上，自治区、地州、县、乡和村级定点医疗机构的满意度之间非常接近，但在诊疗水平、仪器设备、就医环境、医疗人员服务态度上，各级定点医疗机构的满意度之间表现分化，大体上呈现出级别越高的定点医疗机构，其满意度越高;受调查者中认为定点医疗机构起付线设置合适的比例呈现明显下降趋势，反映了参合人员希望能够降低住院起付线并适当提高住院报销比例。同时，本文构建了新疆新农合实施效果评价指标体系与评价模型，运用AHP等方法从微观层面对新疆新农合实施效果进行评价，得到的结论包括:新疆新农合总体实施效果较好;新农合服务满意度与筹资、补偿满意度达到较好水平;新农合实施效果呈现出非均衡性。　　本文运用数理统计方法研究分析了新疆新农合筹资模式与发展现状，总结了筹资中存在的主要问题，提出其主要影响因素包括人均GDP、地方政府财政支出、农村居民家庭年人均纯收入、参合住院人数等，并运用计量经济方法对新疆全区以及各地州的新农合筹资水平进行了预测。同时，本文运用数理统计方法对新疆新农合补偿模式与发展现状进行分析，并提出其存在的主要问题，运用联合分析方法定量研究各级定点医疗机构住院补偿比对参合农民的重要程度和效用的影响，据此对各级医疗机构住院补偿比参数做出优化调整，并运用计量方法对新疆全区以及各地州新农合的补偿支出水平进行了预测，对于新疆新农合补偿机制的优化设计具有重要参考。　　综合以上研究，对新疆新农合存在的问题进行了系统性分析，在此基础上提出了新疆新农合运行机制的优化思路，并提出实施差别化的补偿机制，运用公私合营的方式拓宽融资渠道，实现新农合与商业性保险的结合等相关政策建议。