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环状RNA(circRNA)是一类特殊的闭合环状非编码RNA,在动物中主要由5’和3’端向后剪接共价结合形成,在多细胞动物中,环状RNA具有一定的进化保守性和组织特异性。目前在多个物种中已经鉴定出数量众多的circRNA,其中一些具有重要的生物学功能。古菌作为生命进化树的三大领域之一,其在分子水平上比细菌更接近真核生物。所以古菌是研究物种进化与分类必不可少的一环。四膜虫是研究染色质和基因表达调控的理想模式生物。其主要特征是具有两个细胞核-大核和微核。本文选取了两种嗜盐古菌-地中海富盐菌、西班牙盐盒菌和四膜虫,通过RNA-seq技术、生物信息学分析手段深入分析了其circRNA的来源组成和在染色体上的定位,并以分子生物学等手段,证实两种嗜盐古菌和四膜虫中部分circRNA的存在。我们在地中海富盐菌中,检测到67个circRNAs;在西班牙盐盒菌中,检测到133个circRNAs。circRNA主要定位在两种古菌染色体上,具体来源于16S rRNA、23S rRNA、16S rRNA-23S rRNA、蛋白编码基因上。我们在四膜虫B2086中,检测到109个circRNA。circRNA主要存在于蛋白编码基因上。四膜虫B2086中circRNA主要有exonic、intronic、intergenic三种类型,其中exonic占的比例最多,exonic circRNA中参与成环的exon大多小于4个,exon的长度在300bp左右。我们还发现,四膜虫circRNA的宿主基因在分子功能方面,主要发挥ATP结合、蛋白结合、核酸结合、蛋白激酶等功能,主要参与了翻译、蛋白磷酸化、离子运输、ATP合成、代谢等多个生物过程。本文对于更好地了解古菌和四膜虫circRNA的分子表征及其它相关信息具有一定的意义,有利于扩展从circRNA角度思考生命进化及探索真核细胞的进化产生。