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羊肚菌是羊肚菌属数种真菌的总称，是世界公认的一类稀有食用和药用高等真菌。近年来，由于过度采集、生境散失和生境退化等原因，使羊肚菌种群数量日益减少，遗传多样性逐渐散失，但却没有引起足够的重视。
本论文以滇西北地区羊肚菌属为研究对象，应用ISSR对其遗传多样性现状及结构进行了分析，以期为滇西北地区羊肚菌属资源的可持续利用提供理论指导。论文主要研究结果如下：
在各典型生境进行羊肚菌样品采集，用冰袋及保温箱运回实验室后保存在-80℃低温冰箱中。应用ISSR分子标记技术对10个羊肚菌居群进行遗传多样性分析，从50条ISSR引物中筛选出了12条，ISSR-PCR扩增条带数为89条，其中多态性条带为66条。分析结果表明：
(1)滇西北羊肚菌物种水平上的遗传多样性很高，多态位点百分率PPB=95.51％，平均每个位点的有效等位基因数Ne=1.6098，Neis基因多样度指数H=0.3492，Shannon多样性信息指数Hsp=0.5179；在居群水平上的遗传多样性偏低，PPB=49.77％，Ne=1.3296，H=0.1881，Shannon多样性信息指数Hpop=0.2779。
(2)滇西北羊肚菌居群内的遗传分化较高，而居群间的遗传分化较低。根据Shannons指数得出的居群分化系数((Hsp-Hpop)/Hsp)为0.4634；居群总基因多样度(Ht)为0.3492，居群内基因多样度(Hs)为0.1881，居群间基因多样度(Dst=Ht-Hs)为0.1617，基于Neis遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst=0.4612；AMOVA分析显示：羊肚菌的遗传变异主要存在于居群内，占总变异的67.50％，居群间的遗传变异占32.50％。这三种分析方法虽然不同，但所得结论是一致的，即居群内的遗传分化大于居群间的分化。
(3)基因流(Nm)为0.5841，容易发生遗传漂变，引起遗传多样性的退化；地域差异是引起羊肚菌遗传距离差距的主要原因之一，经Mantel检测，居群间的遗传距离和地理距离有一定的正相关关系(r=0.3103，P=0.028)；聚类分析表明四种羊肚菌的亲缘关系由近到远为黑脉羊肚菌，尖顶羊肚菌，高羊肚菌，羊肚菌。