在我国经济体制转轨时期，政府非税收入出现了超常规增长和非规范管理的现象，这不仅扰乱了经济秩序、破坏了经济改革，更严重损害了执政党和政府的形象，动摇了公众的信任基础。所以实施政府非税收入改革、实现政府非税收入的规范化管理是经济选择，更是政治选择。从经济角度分析，实现政府非税收入的规范化管理是市场经济条件下理顺政府收入分配秩序、构建公共财政框架的客观要求；从政治角度分析，实现政府非税收入规范化管理是推进政府职能转变、促进社会持续协调健康发展的重要举措。论文通过四川省药监系统政府非税收入改革个案，运用公共选择理论，借助个案分析和利益分析的方法，揭示因政府非税收入改革不到位引发的制度缺陷如何影响利益主体的利益选择。论文提出了如下几个方面的观点：一是目前推行的政府非税收入改革仅仅是财政技术层面的改革，“收支两条线”的政策外壳包装着“收支一条线”的政策实质是导致改革不到位的现实原因；二是“收支一条线”的政策实质充分激发了政府的自利性是导致改革不到位的深层次原因；三是要引导改革全面、深入的发展，真正实现政府非税收入的规范化管理，采取宏观政策措施限制政府的自利性是改革发展的方向，而深化“收支两条线”政策，改变“收支一条线”的政策实质则是改革的关键与核心。随着公共财政体系改革的深入，政府逐步认识到规范政府非税收入管理的重要性和改革的必要性，但对如何改、怎么改，各地区、各级政府的认识都很模糊，论文对澄清模糊认识，深化政府非税收入改革具有重要的借鉴意义。